쿠도 토모히사와 카나자와 노부아키의 희생으로 만들어진 항체로 인해 왕게임이 끝나고 3개월이 지난 뒤. 마지막 명령에서 어른들을 구하기 위해 투표하는 것으로 학생들을 설득해 '지역의 영웅'이라는 별명으로 불리는 마사토를 중심으로 이야기는 진행된다.

쿠도 토모히사는 자신의 몸을 바쳐 항체를 만들어냈지만 그 결과 그의 몸은 인류에서 벗어난 괴물이 되었고 그 영향으로 만들어진 '차일드'와 차일드를 숭배하는 '리 본'에 의해 나노퀸이 탈취당하면서 이야기는 복잡해진다.

단순히 왕게임 뿐만아니라 미지의 괴생명체로부터도 자신의 몸을 지켜야 되는 인류. 덕분에 이전 시리즈들보다 더욱 긴박감 넘치는 내용 전개를 볼 수 있다.