은하철도 999를 타고 우주를 달리는 것이 장래희망이라던 주인공 하민은 자라서 완행열차의 차장이 된다. 하지만 어떠한 이유로 열차가 운행을 중단하게 되면서 하민은 다른 근무지로 이동하게 되고, 그곳에서 만난 사람들과 새로운 기억을 만들어간다. 아빠와의 기억으로 기차 일을 하게 된 영지씨, 기차에서 마주쳐 인연을 이어나간 철수의 부모님 이야기가 등장한다.