시도니아 곳곳에서 촉수 괴물이 나타난다는 소문이 퍼진다. 타니카제와 함께 있으려고 파이프 내부를 타고 돌아다니는 츠무기가 오해를 받지만 사실은 비밀리에 연구중인 융합개체 2호기 카나타였다. 하지만 카나타의 폭주로 이자나의 할머니 시나토세 유레와 조종사인 쿠나토가 부상당한다. 가우나 경보의 오보가 반복되고 외생연의 타히로 연구원이 자살하는 의문의 사건이 벌어지자 시도니아는 혼란에 빠진다. 그리고 손녀의 마음을 눈치챈 유레 박사의 음모로 타니카제와 이자나는 함께 시간을 보내게 된다.