푸코의 후기 철학의 테마는 통치성이다. 푸코는 통치를 '품행의 인도'라는 포괄적 의미로 정의했다. 즉 사람들의 품행을 형성 지도하거나 그에 영향을 끼치려고 하는 활동의 형태다. 통치는 크게 자기의 통치와 타인의 통치로 구분되는데, 자기와 자기의 관계, 특정 형태의 통제나 지도와 관련된 사적 개인들 간의 관계, 사회제도와 공동체 내부에서의 관계, 그리고 정치적 주권의 행사와 연관된 관계 등과 모두 관련되어 있다. 그런데 통치합리성은 주로 정치 영역에서의 통치 혹은 통치술과 관련된다. 특히 정치적 주권의 수준에서 사회 전체의 인구를 '전체화'하는 동시에 '개별화'하는 데 중점을 둔 통치실천들에 주목했다. 이는 이른바 생명정치라 불린다. 푸코에게 통치합리성은 "통치실천의 성질에 관한 사유방식 혹은 사유체계"를 뜻한다. 

통치합리성 혹은 통치성이란 개념은 파리의 콜레주드프랑스 강의 『안전, 영토, 인구』와 『생명관리정치의 탄생:콜레주드프랑스 강의 1978-79년』(난장, 2012)에 나타난다. 특히 1991년 콜린 고든, 그래엄 버첼, 피터 밀러가 공동 편집한 『푸코 효과』는 '통치성 연구'라는 광대한 연구 영역을 특화시키는 데 공헌했다. 푸코의 통치성 개념은 국가이성, 내치, 자유주의, 안전, 사회경제, 보험, 연대주의, 복지, 리스크 관리 등 다양한 현대적 현상들에 응용 가능하다.

"저는 '통치성'이라는 용어로 세 가지를 의미합니다. [첫째] 인구가 주요 표적이고, 정치경제학이 그 주된 지식의 형태이며, 안전장치가 그 주된 기술적 도구인, 지극히 복잡하지만 아주 특수한 형태의 권력을 행사케 해주는 제도, 절차, 분석, 성찰, 계산, 전술의 총체를 저는 '통치성'이라 이해합니다. 둘째, '통치'라고 부를 수 있는 권력 유형, 한편으로 일련의 특수한 통치장치를 발전시키고 다른 한편으로 일련의 지식을 발전시킨 이 권력 유형을 서구 전역에서 꽤 오랫동안 주권, 규율 같은 다른 권력 유형보다 계속 우위에 서게 만든 경향, 힘의 선을 저는 '통치성'이라 이해합니다. 마지막으로, 저는 '통치성'이라는 용어로, 중세의 사법국가가 15~16세기에 행정국가가 되면서 점차 '통치화'되는 절차, 혹은 그 절차의 결과를 이해해야 한다고 생각합니다."(154쪽)  

어떻게 자기 자신을 통치하는가, 어떻게 타인을 통치할 것인가? 통치, 인구, 정치경제학의 관계에 있어서, 푸코는 시대적으로는 주권사회에서 규율사회로, 규율사회에서 다시 통치사회로 이행했다고 보는 것 대신에, 통시적으로는 주권-규율-통치적 관리의 삼각구도로 보는 것이 옳다고 설명한다. 통치사회는 인구가 그 핵심표적이고 안전장치가 주된 메커니즘이라서 '안전사회'로 불리기도 한다.

근대의 통치합리성은 개별화하는 동시에 전체화한다. 정치적인 것은 언제나 주체화의 문제를 경유한다. 지식/권력은 통치장치들에 의한 예속화 과정과 자기가 스스로를 주체로 구성하는 주체화 과정으로 구분된다. 이는 자기의 통치와 타인의 통치와 직결된다. 저항이 있는 곳에 권력이 있다. 대항정치는 기존의 진리형태를 그 권력 효과와 관련해 의문시하는 비판과 진리와 새롭게 관계맺는 방식으로서의 자기 변환이라는 영성의 문제를 포괄한다. 정치적 주체화는 '정치적 영성'이 요구된다.

푸코의 이론에 대한 비판은 크게 세 가지 테마를 벗어나지 않는다. 첫째는 푸코의 관계론적 권력론은 저항의 가능성을 사유할 수 없다는 비판이다. 푸코에게 가장 자주 제기되었던 것이 바로 각종 비판행위를 가로막고 사람들을 무력하게 만든다는 '무력화'의 문제다. 새로운 정치의 가능성을 제시하거나 통치의 실패를 규명하는 데에는 실패하고 있다는 비판이다. 즉 진보적인 정치 개입의 모든 기반을 제거해 버린다는 비판이다. 셋째는 역사적 방법에 있어서 인과관계나 구조적 차원의 설명을 무시하고 단순히 하나의 사건에 불과한 것을 특권화하는 경향이 있다는 비판이다. 

푸코에 대한 비판을 정리해보면 이렇다.

▶권력이론: 푸코의 미시권력론은 사실 대항권력, 즉 저항의 가능성을 사유할 수 없다.

▶국가이론: 권력계보학이 정교한 국가이론을 결하고 있다.

▶주체이론: 전기 푸코와 후기 푸코는 주체의 소멸과 주체의 생성 사이에서 오락가락한다.

▶연구방법론: 역사적 방법에 있어서 인과관계나 구조적 차원의 설명을 무시하고 단순히 하나의 사건에 불과한 것을 특권화하는 경향이 있다.

"먼저 맑스주의 좌파에 의해 빈번하게 제기된 반론은, 권력관계의 특수성과 특정한 기술 및 실천의 상세한 구조에 주목하는 이런 새로운 시도가 이른바 사회와 국가 간의 관계 같은 포괄적인 정치적 문제를 설명하거나 조명하지 못한다는 것이었다. 또 다른 반론은 종속화하는 권력의 편재적 관계망으로 사회를 묘사하는 푸코의 접근은, 중요한 개인의 자유의 가능성을 제거한다는 것이었다. 세 번째 비판은 인도주의적인 형법 개혁이 가져온 효과에 대한 푸코의 비판적 설명은, 전반적으로 허무주의와 절망의 정치철학으로 귀결된다는 것이었다."(17쪽) 

푸코는 다원론자다. 다양한 담론들의 개별화와 전체화를 분석하기 위해서, "담론들의 역사에 존재하는 불연속들의 놀이와 체계들의 다양성을" 드러내기 위해서, 푸코는 세 가지 유형의 기준들, 즉 '형성'의 기준들, '변형'의 기준들, '상호관계'의 기준들을 살폈다. 

"저는 다양한 징후들로부터 시작해 한 시대의 단일한 정신이나 의식의 일반적 형태, 그러니까 하나의 세계관 따위를 추적하려 한 것이 아닙니다. 또한 저는 한 시기의 사상 전반을 지배했던 하나의 형식적 구조들의 등장과 쇠퇴에 대해 묘사한 것도 아닙니다. 즉, 저는 초월론적인 것의 부침의 역사를 쓴 것이 아닙니다. 마지막으로 저는 역사라는 배경막에 그림자 극장을 펼치는 정신 같은, 그러니까 태어나서 성장하고 위기를 겪다가 도전받은 후 위대한 유령처럼 사그라드는, 세속적 감정이나 사상들에 대해 말하고자 했던 것도 아닙니다. 저는 담론들의 집합을 하나하나 연구했을 뿐입니다. 저는 이 담론들을 특징짓고, 이들 담론의 규칙, 변화, 문턱, 잔상의 작동 등을 연구했습니다. 또한 저는 이들을 조합하고 그 관계 전체를 묘사해왔습니다. 따라서 필요할 때마다, 저는 복수로서의 체계들을 만들어냈다고 할 수 있죠."(89, 90쪽) 

푸코식 담론 연구가 품고 있는 문제의식은 다음과 같다.

▶과학 담론과 정치적 실천 사이의 전체적 관계를 어떻게 묘사할 것인가?

▶과학 담론과 관련해 정치적 실천의 적절한 역할은 무엇인가?

▶정치적 실천과 과학적 장 사이의 관계는 다른 질서의 관계들과 어떻게 절합될 수 있는가?

▶전통적으로 강조되어온 현상들(영향, 모델의 교환, 개념의 은유화와 전파 등)은 어떻게 선행하는 변화들 속에서 자신의 역사적 가능성의 조건을 발견하게 되는가?