신비한 바다의 나디아는 많은 상징과 오마주를 가득 담고 있는 애니메이션이다. 겉으로 보이는 것은 해저 2만리를 모티브로 한 소년 모험극처럼 보이지만, 실제로 이 신비한 바다의 나디아 속에는 상당히 많은 것을 담고 있다. 그리고 그것들은 모두 아는 사람만이 볼 수 있는 것들이다. 신비한 바다의 나디아에는 기본적으로 일본의 전통적인 애니메이션들에 대한 오마주가 자리하고 있다. 블루워터를 가진 과거가 불분명한 신비로운 소녀 나디아와 그런 나디아를 돕는 쟝은 전통적인 일본 애니메이션의 남녀 주인공들을 그대로 가져왔다고 할 수 있다. 조금 다른 점이 있다면, 전통적인 여자 주인공들의 순종적인 모습에 비해서 나디아는 상당히 까칠한 면모를 보인다는 것이다. 하지만 그러한 나디아의 모습이 신비한 바다의 나디아와 어쩔 수 없이 많은 부분을 공유하고 있는 신세기 에반게리온의 아스카에게로 조금 이어져 있다는 것을 생각하면, 전통적인 여자 주인공의 모습에 더해서 현대적인 재해석을 더한 결과물이라고 할 수 있을 것이다. 그것은 악당으로 출연해서 선역으로 마무리가 되는 그랑디스 일당에게서도 그대로 반영이 된다. 전통적인 삼인조 악당의 캐릭터를 보여주는 그랑디스 일당은 그러나 이야기가 진행이 되면서 또 다른 면모를 보이면서 이 신비한 바다의 나디아 속에서 중요한 역할을 담당하게 된다. 그러한 부분들이 전통적인 요소들을 가져오면서도 신비한 바다의 나디아만의 개성을 만들어낸 것이라고 할 수 있을 것이다.

  신세기 에반게리온의 이야기를 앞에서 한 것처럼, 이 애니메이션 신비한 바다의 나디아는 상당히 많은 부분에서 신세기 에반게리온과 이어지거나 혹은 공유하는 부분들이 있다. 나디아가 만나게 되는 고대 아틀란티스 인의 유적에서 보는 모습들은 상당히 많은 부분에서 신세기 에반게리온으로 이어진다. 물론 이 두 작품은 공식적으로 이어지는 이야기는 아니지만 그럼에도 안노 히데아키 감독의 팬들에게는 충분히 서로의 연관성을 찾을 수 있는 부분들이 존재한다. 그리고 그것은 내용에서도 다시 한 번 반복이 된다. 신비한 바다의 나디아는 전반부와 후반부가 조금은 다른 모습을 보인다. 그리고 가장 다른 것은 바로 과학 기술에 대한 태도라고 할 수 있을 것이다. 그 변화를 가장 크게 보여주는 인물은 바로 남자 주인공인 쟝이라고 할 수 있다. 전반부에는 철저한 과학 신봉자였던 쟝은 이후에도 기본적으로 과학 기술에 집중하는 모습을 보이기는 하지만 상당히 달라진 인식도 함께 보여준다. 그것은 마법처럼 보이는 아틀란티스 인의 과학 기술이 보여주는 파괴적인 모습에 대한 공포라고 할 수 있을 지도 모른다. 하지만 역시 그것보다는 사람의 삶에서 과학 기술이 갖고 있는 위치를 다시 한 번 생각하게 된 결과라고 하는 쪽이 더 옳을 것이다. 모두 이야기 속의 배경보다 더 뛰어난 과학 기술을 사용하는 두 집단의 이야기인 이 신비한 바다의 나디아는 하지만 그 마지막 부분에서는 상당히 다른 모습을 보인다. 한쪽은 철저하게 파괴적이고 남들을 지배하려는 의도로 사용을 한다면, 다른 쪽은 그러한 파괴적인 행동을 막기 위해서 과학 기술을 이용하는 모습을 보인다. 그리고 그 결과는 이미 다른 애니메이션인 천공의 성 라퓨타에서 우리가 만날 수 있었던, '사람은 두 발을 대지에 딛고 살아야 한다'는 메시지다. 물론 조금은 다른 방법으로 그 메시지를 신비한 바다의 나디아는 전한다. 하지만 결국 이 그 두 가지 메시지는 동일하다고 할 수 있다. '사람들과 함께 살아간다'는 신비한 바다의 나디아가 전하는 메시지는 그렇게 과학 기술에 대한 동경 가득한 애니메이션의 마지막에 다시 한 번 사람을 발견하게 한다. 그리고 그것이 바로 우리가 이 빠르게 변하는 세상에서 잊지 말아야 하는 것임을 다시 이야기한다. 어쩌면 그것은 해저 2만리의 상처받아 세상을 버린 네모 선장의 이야기를 기본으로 만들어진 이 애니메이션의 가장 중심이 되는 이야기일지도 모른다.