안개와의 싸움이 바다에서 이뤄지다 보니 육군은 아무런 공도 세우지 못하고 구경꾼 신세가 되고 만다. 육군은 부대의 체면을 위해 멘탈모델 하루나를 포획하려고 오사카베 저택에 무리하게 진입한다. 멘탈모델을 잘못 건드렸다가 부대 전멸이 문제가 아니라 나라의 운명이 좌우될 수도 있는 일을 벌인 육군은 디자인 차일드 마키에를 빼앗길 바에 제거하려 한다. 마키에를 구하려던 오사카베 박사가 사망하자 하루나는 공격 충동을 느끼고 제어불능 상태에 빠진다.

푸른 강철의 아르페지오는 오래전에 원작을 보지도 않고 케이블 티비에서 애니메이션만 인상 깊게 보았던 기억이 있는 작품이에요. 돌연, 세계 각지에 ‘안개의 함대’라 불리는 의문의 초병기를 탑재한 전함들이 출현합니다. 인류는 그 함대에 속절없이 패전하며 해상에 나갈 수 없게 됩니다.그 해전 이후 17년이 지나 어떻게 된 영문인지 ‘안개’의 잠수함 '이401'에 올라탄 치하야 군조와 그 동료들은 '이401'의 인체화(멘탈 모델)인 이오나와 함께 안개의 함대를 상대로 싸움을 시작합니다.