배트맨의 마지막 출현이후 10년이 지나고, 국장 고든도 70세로 은퇴를 앞두고 있다. 고담시는 돌연변이파의 범죄가 늘어나고, 아캄병원에 수감되었던 하비덴트는 브루스 웨인의 후원으로 성형수술로 얼굴이 정상으로 돌아온후, 속죄로 가는 먼 길의 첫걸음이라며 모습을 감춘다.

 오랜기간 깊은 갈등에 빠졌던 배트맨은 돌연변이파에 의한 범행이 늘어나자 범죄현장에 재등장하여 그들의 강도행각을 처벌하기 시작한다. 그러나, 노쇠한 배트맨은 그들과의 싸움에서 얻은 통증이 바로 가시지도 않고, 탑을 올라가는 것도 쉽지만은 않다. 한편, 하비 덴트는 붕대를 뒤집어 쓴 얼굴로 쌍둥이 탑 꼭대기에 폭탄을 가지고 나타나는데, 배트맨이 등장하여 그를 제압한다. 하비 덴트는 배트맨에게 오랫동안 농담거리로 만들었다며, 내 얼굴이 치료되었다고 온세상이 나를 보고 웃게 만들었다고 하는데, 배트맨도 그를 보며 자기를 보인다고 느낀다. `그래 보인다. 거울이…`

 돌연변이파는 고든국장과 배트맨을 계속 노리는 가운데, 배트맨은 범죄를 저지르는 그들을 제압한다. 고담시는 배트맨을 옹호하는 사람들과 반대하는 사람들로 나뉘어진 가운데, 고든 후임으로 엘렌인들 경감이 경찰국장으로 임명되고, 그녀는 배트맨의 행동이 범죄에 속한다며 영장을 청구할 생각이라고 한다. 돌연변이파는 쓰레기장에서 대대적인 모임을 갖고 경찰본부로 쳐들어가려 한다. 그들을 감시하던, 배트맨은 배트모빌로 그들을 제압하고, 돌연변이 대장과 일대일 격투를 벌인다. 60에 접어든 나이는 속이지 못하고, 시간이 지날수록 밀리다가 부상을 입는데, 켈리의 도움을 받아, 켈리와 함께 집으로 돌아온다. 경찰은 부상당한 돌연변이 두목과 부상당한 돌연변이파를 현장에서 체포한다. 고담시장은 체포당한 두목과 회담을 가지려하다가, 두목에 의해 목줄기를 물려 사망한다. 부상을 입은 배트맨은 캐리와 함께 두목을 포함한 돌연변이파를 제거하기 위해서 나서고…