전쟁이 끝나고 10년의 시간이 지난 후 일본 남해의 외딴 섬 하나도에 새로 임시 선생님이 온다. 낡은 외투에 오래된 가방을 들고 키가 큰 남자는 환한 미소에 인상이 좋아 아이들에게 호감을 주는데 그는 어럴때 앓은 병으로 말을 하지 못하지만 아이들은 이런것에 좌우되지 않고 그를 보고 '기관차 선생님'이란 별명까지 붙이며 따른다. 

아이들이 말을 하지 못하는 요시오카 세이코 선생님을 믿고 따르는 것과 상관없이 섬마을 사람들은 선생님에 대한 신뢰를 가지지 못한다. 마을 사람들에게 공개수업을 실시하며 세이코 선생님에 대한 불신을 없애기로 한 교장 슈이치로의 뜻을 이해하며 공개 수업을 통해 마을 사람들은 안심하게 된다.

마을에서 부자로 대형 고기잡이 배를 가지고 있는 마마사카..... 그는 마을 어부들에게 높은 이자를 붙여 돈을 빌려주고 만선이 되어 돌아와도 돈을 갚기 힘든 어부들을 회유해서 자신에게 속하도록 압력을 행사한다. 이에 굴복하지 않은 몇몇 어부들은 더 많은 고기를 잡기 위해 드 넓은 바다로 나갔다가 그만.....

마마사카를 믿고 함부로 힘을 사용하는 그의 부하들과 이에 굴복하지 않는 세이코 선생님과 일부 마을 사람들..... 하나도 마을이 가지고 있는 바다에 대한 공동체 의식과 이를 묵살하고  행동했던 사람들의 눈 앞에 이익만을 추구하려는 대조적인 모습을 보여준다.

아이들의 굳은 신임을 받고 있는 세이코 선생님이 어느날 아이들이 보는 앞에서 나쁜 남자들에게서 낯선 여인을 도와주는 모습은 학생들 눈에는 자랑스럽지도 멋지지도 않게 보인다. 크게 실망한 아이들의 마음을 알고 있지만 제대로 표현해 주지 못하는 세이코 선생님을 대신해서 교장 슈이치로는 오래전에 섬을 지키고자 자신의 목숨을 잃은 소년의 이야기를 들려주며 진짜 강한 사람은 함부로 폭력을 휘두르지 않으며 제대로 된 판단을 하고 참아낼 줄 아는 사람이라 일깨워준다.

아름다운 하나도 섬이지만 한번 떠난 사람들은 절대 돌아오지 않는 섬....... 세이코 선생님의 엄마 역시 아버지의 죽음 이후에도 하나도 섬으로 돌아오지 않았으며 다른 이들도 같다. 하나도 섬의 풍경이 저절로 머리 속으로 연상이 되며 아이들과 함께 즐거운 수업을 하는 세이코 선생님이 연상된다.

특수학교도 아니고 일반 학교에서 벙어리 선생님이 학생들을 가르친다는 것이 가능할지 아마 우리나라 교육현실에서는 절대 일어날 수 없는 일일 것이다. '기관차 선생님'은 마음이 따뜻해지는 이야기를 담고 있다. 성적만이 최고가 아니라 따뜻한 인성과 진정 용기 있는 행동이 무엇인지 배워나가는 아이들의 교육현실이 마냥 부럽게만 느껴졌다.