뮌헨은, 1972년 팔레스타인 테러단 검은 9월단이 뮌헨올림픽에 참가한 이스라엘 선수단 숙소에 침입, 코치 2명을 사살한 뒤 인질로 잡은 9명의 선수들마저 21시간의 인질극 끝에 모두 살해하는 사건에서 시작한다. 이스라엘 정부는 독일 정부의 미온적 대응에 분개하며 테러 주동자들을 직접 처단하기로 결정한다. 뮌헨의 시작은 실제 있었던 사건을 그대로 따라간다. TV를 통해 전세계에 중계된 대로, 뮌헨올림픽에서 일어난 테러로 인질로 잡힌 이스라엘 선수들과 코치들은 모두 사망하지만, 테러리스트들 중 세명은 현장에서 생포, 이후 석방되었다. 스필버그 감독은 테러리스트들 석방 당시의 실제 TV 인터뷰 장면 등을 영화 초반 곳곳에 삽입하면서 빠른 속도로 기나긴 복수극의 서막을 연다. 이후 펼쳐지는 이야기는 저널리스트 조지 요나스가 쓴 복수를 바탕으로 재구성되었다. 최초의 암살 이후 뮌헨은 고전적 첩보물의 구조를 따라가는 듯 보인다. 스릴러적 긴장은 파리에서 함샤리를 죽일 때 최고조에 달한다. 암살은 성공적으로 착착 진행되는데, 역설적으로 불안이 아브너를 잠식한다. 아브너는 암살 목표의 위치 정보와 안전가옥을 제공하는 프랑스인 루이의 신뢰도가 불분명하며 자신들에 관한 정보 또한 누군가에게 팔릴 수 있다는 사실을 깨닫는다. 게다가 암살 과정에서 목표가 되는 인물과의 인간적 접촉을 통해 도덕적 갈등을 느끼기 시작한다. 고의인지 실수인지 알 수 없는 이유로 팔레스타인 조직원들과 안전가옥을 함께 쓰게 된 아브너는 그들도 가족과 민족과 조국을 위해 투쟁할 뿐임을 깨닫는다. 가장 큰 문제는 암살한 인물들을 대치한 사람들이 이전보다 강경하고 잔인해서, 폭력의 고리가 더욱 굳건해진다는 깨달음이다. 감독은 어느 한편을 택하는 대신 복수가 복수를 낳은 역사를, 악을 악으로 응징한 사건을 아브너의 불안한 시선을 통해 보여준다. 뮌헨의 결말은 역사에 실재했던 국가간의 도륙을 개인의 도덕적 불안과 혼란으로 갈무리했다는 비판을 피할 수 없지만, 이전 그 어떤 작품에서보다 어둡고 비판적인 태도로 적뿐 아니라 자신의 민족을 그린 감독이 이룬 성취는 분명하다.