정도전은 국가운영에 대한 기본생각을 《조선경국전》(1394)과 《경제문감》(1395)에 남겼다. 《조선경국전》은 500년간 조선왕조의 기틀이 된 헌법 초안에 해당하는 것으로, 뒷날 법전의 대명사인 《경국대전》의 모태가 된다. 《경제문감》은 《조선경국전》의 내용을 보완한 것으로 재상과 대간, 위병, 감사, 수령의 직책 등 정치구조와 관료체제를 집중 설명하고 있다. 또한 태조 6년에 《경제문감》을 보충하는 《경제문감별집》(1397)을 지었다. 요순시대부터 송원에 이르는 중국 역대 제왕의 치적을 적고, 고려 태조에서 공양왕에 이르는 고려 역대 왕들의 치적을 기술하여 모범적인 군주상이 무엇인가를 제시하고 있다.

정도전은 그의 나이 57세 되던 1398년(태조7년) 음력 8월 26일 저녁에 죽었다. 이방원의 제1차 왕자의 난으로 희생당한 것인데 죄목은 내란음모죄다.  정도전은 공신명단에서 삭제함은 물론 서인으로 폐하고 자손들은 금고하여 벼슬길을 막았다. 네 아들 가운데 둘째 유와 셋째 영이 그날 저녁 피살되고 넷째 담은 아버지와 형들이 살해당했다는 소식을 듣고 자진했다. 첫째 진은 한양에 없었기에 살아남았다. 정진은 세종 때 벼슬이 형조판서에까지 이르렀고 정도전의 증손 정문형은 세조 때 우의정을 지낸다.

삼봉은 죽기 직전인 1398년 5월 불교비판서 《불씨잡변》을 저술했다. 모두 19편으로 이루어진 책으로 삼봉 생애 최후의 작품이다. 윤회설, 인과응보설, 심성, 작용시성, 심적, 도기, 훼기인륜, 자비설, 진가, 지옥설, 화복설, 걸식, 선교, 유석동이, 불법입중국, 사불득화  등 불교를 이론적으로 강도높게 비판하고 성리학의 우위를 증명함으로써 성리학을 조선의 국교로 정착시키고자 하였다. 1456년 (세조2년)에 양양군수 윤기견이 이 책의 발문을 썼는데 그는 폐비 윤씨의 친정 아버지로 연산군의 외조부가 되는 이다.

정도전은 불교의 가장 큰 폐단이 바로 생산의 근본인 농삿일을 거부하는 데 있고 남에게 걸식기생한다는 점을 꼽았다. 승려가 수도 많고 비생산적이며 사치와 낭비로 인한 소비가 심하므로 반드시 없어져야 한다고 주장한다. 《불씨잡변》에서 이렇게 말한다.

“불씨가 그 최초에는 걸식하면서 먹고살 뿐이어서 군자는 이것을 의로써 책망하여 조금도 용납함이 없었는데도 불구하고, 오늘날에는 저들이 화려한 전당과 큰집에 사치스런 옷과 좋은 음식으로 편안히 앉아서 향락하기를 왕자를 받듦과 같이 하고, 넓은 전원과 많은 노복을 두어 문서가 구름처럼 많아 공문서를 능가하고, 분주하게 공급하기는 공무보다도 엄하게 하니, 그의 도에 이른바 번뇌를 끊고 세간에서 떠나 청정하고 욕심 없이 한다는 것은 도대체 어디에 있다는 말인가?
가만히 앉아서 옷과 음식을 소비할 뿐만 아니라, 좋은 불사라고 거짓 청탁하여 갖가지 공양에 음식이 낭자하고 비단을 찢어 불전을 장엄하게 꾸미니, 대개 집의 재산을 하루아침에 온통 소비한다.
아아! 의리를 저버려 이미 인륜의 해충이 되었고, 하늘이 내어 주신 물건을 함부로 쓰고 아까운 줄 모르니 이는 실로 천지에 큰 좀벌레로다.”(398쪽)

인식론적 측면에서 정도전은 유교는 일원론, 불교는 이원론으로 정립한다. 가령 불교가 마음과 행적을 나누는데 유가는 이를 하나로 본다. 불학에서 문수보살이 술집에서 놀았는데 그 행적은 잘못되었지만 그 마음은 옳다고 했는데 이는 정자의 말대로, 불씨의 학에는 경으로 안을 곧게 함은 있지만 의로써 밖을 방정케 함은 없는 것이다. 유교와 불교의 같은 점과 다른 점에 대해선 이렇게 말한다.

“우리는 지식을 쌓음과 실천함을 말하고, 저들은 깨달음과 수양함을 말한다. 우리의 지(知)는 만물의 이치가 내 마음에 갖추어 있음을 아는 것이요, 저들의 오(悟)는 이 마음이 본래 텅 비어 아무것도 없음을 깨닫는 것이며, 우리의 행(行)은 만물의 이치를 따라 행하여 잘못되거나 빠뜨림이 없는 것이요, 저들의 수(修)란 만물을 끊어버려 자신의 마음에 누가 되지 않게 하는 것이다. 우리는 마음속에 모든 이치가 갖추어져 있다 하고 저들은 마음이 만법을 낳는다고 한다.”(401쪽)