로크는 기독교인에게 있어서 진실한 믿음과 참된 경배의 중요성을 강조하면서 이를 실천하는 특정한 방식을 어떤 정부도 개인에게 강요해서는 안됨을 역설하고 있다 로크는 어느 누구도 다른 사람의 믿음에 대한 책임을 떠맡을 수 없으며, 지배자나 국가가 이같은 시도를 하는 것은 권력을 남용하는 것임을 명백히 한다 권력의 정당한 행사는 인간 세계의 재화와 이익들을 보호하는 것에만 국한되어야 하며 신과 인간 사이의 문제에 간여해서는 안된다는 로크의 사상은 오늘날에는 거의 상식처럼 들리지만, 신교국이든 가톨릭국이든 상관없이, 세속 권력과 교회 권력간에 긴밀한 유대를 가지고 있던 당시 유럽에서는 상당히 급진적인 것으로 받아 들여졌다 그러나 종교적 관용과 관련하여 로크는 종교에서 관용의 권리가 무신론자에게는 보장되지 않다는 입장을 취한다 로크가 말하는 관용은 신과 개인간의 관계의 직접성을 옹호하려는 것이지 이 관계 자체를 부인하는 것에는 적용되지 않는 것이다 로크에게 무신론자들은 다른 인간 동료들에게 위험을 가져다주는 사악한 운명의 뿌리로 여겨졌던 것이다

세속적 권리와 종교적 자유를 혼동한 절정의 시공간인 17세기 유럽의 모순을 비판한 로크의 저작으로 기계적인 중립을 비판하고 종교적 관용을 옹호하는 내용을 담았다. 정치와 종교를 분리하여 종교적 자유를 보장하고 관용으로 억압과 지배를 극복하여 개인과 공동체의 자유를 보장하고 정치와 종교, 사회 각 영역들의 억압없는 균형을 통해 정당한 통치의 힘을 가져야 하며 다수라는 이름으로 권력이 횡포를 부려서는 안된다고 강력하게 주장한다. 로크의 이런 사상은 미국 연방주의자에게 이어져 미국 헌법 조항에 "연방의회는 국교를 정하거나 또는 자유로운 신교 행위를 금지하는 법률을 제정할 수 없다"고 표현되었으며, 종교가 개인의 자유를 침해하는 것은 있을 수 없는 일임을 들려준다.