CIA 분석가 잭 라이언 박사(해리슨 포드)는 CIA정보담당 차장인 그리어 제독(제임스 얼 존스)을 상관으로 모시고 있는데 갑작스러운 암선고로 그리어가 하던 일을 대신해서 해야만 했다. 즉 CIA 정보담당 차장 서리로 일을 시작한다.

어느날 한 요트에서 하든이라는 사람과 그의 가족, 승무원들이 모두 살해당하는 사건이 벌어진다. 이자는 콜로비아 마약 카르텔 조직과 관련되어있는것으로 보고 있고 거액의 돈이 해외로부터 입금 되어있는것을 확인하게 된다. 즉 하든이 마약조직 카르텔을 통해 돈세탁을 했음을 추측하게 한다. 더군다나 현 미국 대통령 베넷(도날드 모펫)과는 친분있는 사이로 대통령은 하든의 구좌에 있는 거액의 돈을 국고로 돌릴속셈으로 일을 추진을 한다.

베넷은 국가안보담당관인 커터(해리스 율린)로 하여금 친구에 대한 복수와 자신의 공약사항이었던 마약조직퇴치작업을 하게끔 대통령의 권한을 이용해 처리할것을 명한다. 커터는 CIA 작전차장인 밥 리터(헨리 체르니)를 이용하여 비밀스럽게 이 작전에 착수한다. 리터는 콜롬비아 지역의 정보책임지안 클라크(윌렘 데포)에게 델타포스를 지원해주고 카르텔 조직에 대한 무력 보복이 시작된다. 이에 화가 잔뜩난 카르텔조직의 최고 보스인 에스케베도(미구엘 샌도발)은 조직내의 다른 보스들의 짓이 안니가 의심을 하게 된다. 이에 그의 심복 코테즈(조아킴 드 알메이다)는 이 틈을 이용해 다른 보스들과 짜고 에스케베도를 없앨 음모를 꾸민다. 하지만 이 사건의 배후에 미국이 관여하고 있다는것을 알고는 국가안보담당관과 만나 서로 이익이 될수 있는 면을 찾아보자고 협상을 한다.

그 사이에 이 모든 사건의 내막을 알게 된 라이언은 직접 콜롬비아로 날아가고 들통이 난 리터는 클라크에게 더 이상 지원이 없다고 일방적으로 연락을 끊는다. 이에 마약조직들에게 델타포스는 거의 전멸되고 클라크는 이 모든것이 라이언 때문이라고 오해를 하지만 직접 찾아온 라이언과 극적으로 화해를 하게 된다. 라이언은 직접 에스케베도를 직접 만나 코테즈의 음모를 말하지만 코테즈의 반격으로 오히려 에스케베도가 죽는다. 가까스로 라이언과 클라크는 코테즈를 물리치고 무사히 탈출에 성공한다.

미국으로 돌아온후 이 사건을 담당했던 커터와 리터를 대통령에게 고발하지만 오히려 그들을 두둔하는 모습에 라이언은 분개한다. 대통령의 잘못을 지적해도 그는 오히려 회유와 협박까지했지만 그는 끝내 국회에 나가 증언을 한다. 진실을...  이런 참모들이 있었어도 우리 대통령도 저런 꼴은 당하지 않았을텐데...  보이지 않는 권력이 어떤것인지...  대통령이 반드시 옳은 일만을 하는것은 아니라는 것...  누가 추궁을 하고 회유와 협박에 두려워하지 않을수 있는지...  지금 시국에 딱 맞는 상황이 펼쳐지는것 같다.