진로를 결정할 당시 불가코프는 문학과 예술로의 길에 대해 고민했지만 결국 의학의 길을 선택하게 된고 제1차 세계대전이 터지자 미하일은 전방의 의무병으로 발령 받아 전쟁터에서 외과 전문의의 지도 아래 수련을 받는 기회를 가진다. 이후 1916년 미하일은 우수한 성적으로 의대를 졸업하고 스몰렌스크의 작은 시골 마을 보건의로 발령 받는다. 갓 의대를 졸업한 신출내기 의사가 시골 벽지로 발령을 받아 크고 작은 수술을 집도하고 환자들을 진료했던 이 시절의 이야기들이 그만의 독특한 유머와 쓸쓸한 어조로 그의 단편집 『젊은 의사의 수기』에 잘 그려져 있다. 불가코프는 조국 전쟁 시절을 키예프에서 보내게 된다. 그는 정치에는 전혀 관심이 없었지만 키예프에서 14번의 정권이 교체되던 시기, 의사라는 이유로 볼셰비키에 의해서, 또 페틀류로프 정권에 의해서 전쟁터의 이곳저곳으로 동원되는 경험을 하게 된다. 그렇게 동원돼 갔던 블라디캅카스에 장티푸스가 도는 바람에 불가코프는 그곳에 발이 묶이게 된다. 단지 굶어 죽지 않기 위해 불가코프는 볼셰비키의 일을 돕게 되는데 그의 일은 볼셰비키적 관점에서 바라본 푸시킨과 체호프에 대한 강연을 준비하고, 지방 극장을 위한 희곡을 창작하는 작업이었다. 불가코프는 이곳에서 국외로 망명할 수 있는 기회를 얻지만, 그는 러시아에 남게 되고 결국 모스크바에 정착하기로 결심한다. 모스크바는 이후 그의 작품 세계를 비롯하여 그의 일생에서 떼려야 뗄 수 없는 공간이 되고 그의 여러 작품들에서 중요한 모티프로 형상화된다