열녀 조사를 하기전 야소교도를 쫓던 이명방은 계목향에게 남영채를 아느냐고 묻는다 계목향은 그 낭자를 알고 있으리라 짐작하냐고 묻자 야소교도라고 말한다 김아영과 함께 야소를 믿었다며 계목향은 자신은 아니라고 한다 김진은 김아영을 조사할수록 그녀의 죽음에 석연치 않음을 느끼고 자살이 아닌 타살로 생각한다 김진은 이명방과 백동수에게 김아영이 왜 타살을 했는지 몸종 향이를 한양으로 데려가겠다 거짓을 말하는지 자세한 사항을 얘기하는데 생각지도 못한 손님이 찾아온다 바로 김아영의 모친이었다 모친 홍씨는 김아영이 보낸 서찰을 보여주며 김아영이 다른 사내의 아이를 임신했다는 걸 알게 된다 김진과 이명방은 조광정 의원댁으로 갔지만 이미 의원은 죽은 뒤였다 게다가 이방 진독주 시체가 덕진나루에서 발견된다 조사를 하던 중 또다시 시신 5구가 발견되었다는 소식을 듣는다 

이방의 죽음에 이어 다섯 나졸의 죽음까지 이명방과 김진은 백방으로 조사를 하기 시작한다 열녀 조사도 모자라 이제는 살인사건까지 벌어진것이다 그런데 이번에는 두 앞선 살인사건 조사를 받던 객주의 한도주와 정행수가 옥에서 독살을 당한다 그리고 식철이란 자가 찾아와 염고로 같이 가자고 한다 거기서 매매첩을 발견한 김진과 이명방 식철은 한도주의 한과 객주의 누명을 벗겨달라고 하고 김진과 이명방은 매매첩을 가지고 한양으로 떠난다 한양에서 임판윤이 우의정으로 승차했다는 소식을 듣게 되고 남영채까지 만나게 된다 김진은 병방 신익철이 이방과나졸 다섯을 죽인 범인임을 밝힌다 

적성으로 돌아온 김진은 김아영과 연관된 모든 사람들을 불러놓고 향이가 의금옥에서 죽었다며 거짓을 고한다 게다가 김아영은 자살이 아닌 살해되었다며 이 모든 일이 임참판 가족들이 모두 엮어 있다는 것이었다 향이의 죽음에 슬픔에 빠진 똘이와 김아영의 시동생이 김아영의 죽음과 연관이 있다고 말하는 것이다 모두들 소설같은 이야기라며 부정하는데 김진은 차분하게 이야기를 한다 그리고 생각지도 못한 인물이 등장하며 모두들 놀라는데........

열녀문의 비밀은 영화로도 제작이 되었고 백탑파 시리즈 두번째 이야기다 의금부 도사 이명방과 김진의 활약이 이번편에서도 펼쳐진다 정조시대를 배경으로 규장각 검서관으로 서얼출신 백탑파의 인재들이 등용되고 청운병 사건 후 5년이 지났다 박제가 이덕무 유득공 서이수 그들은 규장각에서 지내면서 꿈은 있지만 중앙으로 진출은 못하고 있었다 그러던 중 이덕무가 적성 현감으로 임명이 되고 이명방은 거짓 열녀 수사를 하게 된다 이덕무가 현감으로 임명받은 적성으로 열녀 수사를 가기전 한성 판윤 임명보를 만나게 된다 이명방이 맡은 적성 김씨의 시아버지가 바로 병조 참판을 지낸 임호였고 한성 판윤 임명보는 임호와 팔촌인 것이었다 열녀 정려를 위해 청탁을 넣으려는 것이라는 걸 알고 일어나려 하자 임판윤은 청탁이 아니라 철저히 탐문해 달라 부탁한다 적성에는 김진도 함께 가게 된다 적성에 온 김진과 이명방은 먼저 김씨의 집으로 가서 조사를 시작한다 그리고 죽은 여인의 이름이 김아영이라는 것도 알아낸다

이명방은 김아영의 남편 임거용의 하나뿐인 임거선을 만나 김아영에 대해 조사를 계속한다 조사를 하면 할수록 김아영은 학덕이 높으며 열녀문가 되고 남을 만큼 행실이 바르고 배움이 깊은 여인이었다 미행을 따돌리고 김진을 만나러 온 이명방은 한성판윤과 같이 만났던 기생 계목향을 만나게 된다 계목향은 이명방에게 김아영에 대한 이야기를 한다 계목향과 김아영은 의자매를 맺은 사이였던 것이다 계목향은 김아영이 자진하지 않았다며 한권의 소설을 내민다 같이 소설을 끝내기로 했는데 자진을 할리가 없다는 것이다 다시 적성으로 돌아온 이명방은 김아영에 대한 조사를 계속한다 김진과 이명방 이덕무는 임참판의 집을 방문 김아영에 대한 이야기를 듣게 된다 김아영은 병약한 남편의 여의고 2년간 열심히 일하여 시댁의 가세를 일으켰다는 것이다 그렇게 열심히 살던 김아영의 자진에 의문을 품는 김진

김아영이 혼인 할때 임참판의 반대가 만만치 않았다는 것이다 겨우 어렵게 승낙을 받아 혼인을 했다는 말에 어느 정도 공감을 한다 그러다 김아영의 행적에 조사를 한 김진이 그녀는 백탑파 못지 않게 신문물을 받아들이는데 꺼리낌이 없었으며 지식인으로서 지식을 계속해서 쌓아갔고 농기구를 개량하고 정전법을 시험하는가 하면 집안의 노비들까지 교육을 시켰으며 객주를 오기며 상업까지 배운 신여성이었다는 점이 조사를 진행함에 따라 놀라움을 금치 못한다 그런 여인을 자결한 것으로 죽음을 몰아갔는지 의문이 남았다 그리고 병약하다던 남편은 사실 도적떼에 의해 목숨을 잃었다는데 그것또한 의심을 하게 되는 김진 과연 누가 김아영을 죽음으로 몰아넣고 열녀문을 받으려 한 것일까? 임참판 아님 시동생 임거선 범인은 누구일까?

방각본 살인 사건이 있었던 때로부터 6년의 시간이 지나고, 각각 의금부 도사 참상과 규장각 서리로 일하고 있던 이명방과 김진은 주상으로부터 열녀문을 세워달라는 글들 중에서 거짓으로 꾸민 것을 찾아내라는 명을 받게 됩니다. 천주교를 빠진 백성들을 잡는 일에 한참 열을 올리고 있던 이명방으로서는 그와 같은 명에 무척이나 김이 빠져 하지만, 지엄한 어명을 거절할 수는 없었기에 일단 맡은 바 소임을 빠르게 마무리 짓고자 합니다. 그렇게 조사가 시작되고 얼마 되지 않아 열녀적성김씨전을 보던 김진이 그 글에서 이상한 점을 발견하게 되고, 이에 대한 보다 자세한 조사를 위하여 이 두 사람은 그녀가 살았던 적성으로 떠나게 됩니다.

의굼부 도사인 이명방과 규장각 서리로 일하고 있던 김진은 열녀문을 세워달라는 글들 중에서 거짓으로 꾸민 것을 찾아내라는 어명에 받들게 되고, 그와 같은 업무를 수행하고 있던 김진이 열녀적성김씨전의 내용 중 이상한 부분이 있다는 점을 발견하게 됩니다. 보다 자세한 조사를 위하여 열녀적성김씨전의 주인공인 김아영이 죽은 적성으로 향하게 된 이명방과 김진은 김아영의 삶을 조사하면 할수록 그녀가 자살을 하였다는 점에 의문스러운 부분이 많다는 것과 함께 김아영이라는 인물 또한 놀라운 비밀을 많이 가지고 있었다는 사실을 알아가게 됩니다.