톰이 남부로 팔려가게 되면서 소설은 또 다른 국면에 들어선다. 남부는 노예를 혹독하게 다루어 다시 살아 돌아오기 어렵다는 말이 노예들 사이에서 공공연하게 이야기 될 만큼 두려운 곳이었다. 남부로 팔려가는 배 안에서도 노예제도로 인해 엄마와 아이가 헤어지고 물 속으로 몸을 던져 생을 끝내버리는 흑인 노예의 모습이 그려지기도 한다. 어떻게 이렇게 비인간적이고 말도 안 되는 제도가 오랫동안 존재했던 것일까. 그 제도 때문에 죽어간 사람들이 얼마나 될지 감히 상상하기 어렵다. 작가 또한 이렇게 이야기한다.

“나는 지금도 수천 명의 가슴을 찢어놓고, 수천 세대의 가족을 이산시키고, 온순하고 힘없는 종족을 광기와 절망으로 내모는 잔인한 제도에 대하여 이 책에서 그저 희미하게 그림자 정도만 묘사했을 뿐이다. 미국 법률의 그늘 아내, 그리스도의 십자가 그늘 아래, 우리나라의 연안에서 시시각각 벌어지는 저 끔찍하고 살벌한 현실에 필적할 만한 비극적 작품은 쓸 수도 없거니와 말할 수도 구상할 수도 없다.” 

톰의 미래가 비극적으로 전개될 것이라는 불안감이 엄습할 때, 톰이 배에서 떨어진 에바를 구출하게 되고 톰은 에바의 아버지 세인트클레어에게 팔리게 된다. 세인트클레어는 노예를 여럿 데리고 있지만 그들에게 주인과 같은 자유를 허락하고 격의 없이 지내는 그런 주인이다. 그러나 노예제도 안에서 ‘자유’는 자유일 수 없다. 새 장 안에 갇힌 새의 운명처럼 노예들의 삶 또한 그러하다. 세인트클레어는 신경과민을 보이는 아내와 행복하지 않은 결혼 생활을 유지한다. 세인트클레어의 아내 마리는 쇠약한 정신과 몸으로 집안을 돌볼 수 없었으므로 에바와 집안을 돌볼 수 있는 인물, 북부에 거주하고 있던 사촌 오필리어를 초청한다.

세인트클레어와 오필리어가 나누는 때로는 논쟁하면서까지 노예제도와 관련된 각자의 입장을 피력하지만 노예제도는 이성적으로, 논리적으로 간단하게 해결할 수 있는 문제가 아님이 드러난다. 세인트클레어와 같은 주인이 자신의 노예를 모두 해방시켜 준다고 하더라도 이들은 결국 이 나라에서 차별받고 무시당하며 다시 노예로 전락할 위험이 있고 당시의 미국 남부 배경에서 노예가 없이 집안을 꾸려간다는 건 상상하기 어려운 일이었다. 거대한 시스템 앞에서 주인과 노예 모두 상황을 개선하지 못 하고 갈등하며 제도를 유지하게 되는 것이다. 

세인트클레어가 새로 들여온 노예 톱시를 오필리어가 교육시키면서 노예제도가 망가뜨려놓은 인간과 인간의 관계가 적나라하게 드러난다. 평생을 천대받아 온 톱시는 욕을 얻어 먹고 매를 맞아도 잘못된 행동을 고치지 않는다. 오히려 자기 스스로 가치 없는 인간이라는 생각과 어그러진 삶의 태도가 두드러지게 나타날 뿐이다. 세인트클레어의 딸 에바가 노예들을 친구로, 사람 대 사람으로 인격적인 관계를 유지하면서 노예들은 에바를 진심으로 사랑하게 되고 작가는 어린 에바의 행동을 통해 인간이라면 마땅히 어떤 관계를 맺고 살아야 하는지 그 방향을 제시하고자 한다. 

하지만 에바가 병으로 죽고 세인트클레어도 갑작스럽게 죽음에 이르면서(이 부분 때문에 신파라는 비판을 받기도 한다) 톰은 악독한 농장주에게 팔려가게 된다. 농장에서 겪게 되는 극심한 고통 가운데서도 톰은 신앙으로 견뎌내며 그리스도의 사랑을 점차 깊이 깨달아 간다. 소설의 후반부는 거의 종교적인 소설이라고 생각될 만큼 ‘외부의 고난과 내면의 신앙’이 주된 이야기 거리가 된다. 

자신의 자리에서 노예로서의 삶을 받아들이며 신앙으로 견뎌낸 톰과 탈출로 노예의 신분을 벗어던지고 새로운 삶을 개척한 엘리자와 아들 해리, 엘리자의 남편 조지 해리슨. 톰이 당시 노예제도 안에서 저항 할 수도 없고 갖은 고난을 받았던 모든 노예를 대변한다면 조지 해리슨의 가족은 미래에 펼쳐질 노예해방을 상징한다고 볼 수도 있다. 톰과 조지 해리슨이 있었기에 노예들은 해방이 되고 현재의 우리 또한 더 나은 삶을 추구하며 살 수 있게 된 건 아닐까.