늦여름 어느 날, 거물급 인사 한규덕이 괴한의 피스톨에 맞은 살인 미수 사건이 터진다. 경찰은 유력한 용의자로 사건 현장에 있다가 검거된 박 신부의 친동생 박찬재를 지목한다. 형사가 박 신부의 집을 찾아와서 사건을 전후한 찬재의 행적에 대해 묻고 간다. 사건 발생 3주일만에 용의자가 범행 일체에 대해 자백을 했다는 보도가 나온다. 그러나 한씨 저격 사건에 대한 보도는 추측 일변도였다. 다시 열흘이 지났으나 배후 관계는 실마리도 잡아내지 못한다. 박 신부는 살인범의 형이라는 죄책감에 술을 마시고, 그때 교우 바오로의 방문을 받는다. 바오로는 고해를 하다가 괴로움을 이기지 못하고 벌떡 일어서서 밖으로 뛰쳐나간다. 얼마 후, 다시 바오로가 나타나 자신이 한규덕 살인 사건의 범인이라고 고해를 한다. 바오로는 자신의 가족을 부탁한 뒤에 자수하러 떠난다. 박 신부는 이튿날 새벽 미사에서 바오로를 위해 기도를 올리고 미사 후에 남산동 비탈의 바오로의 집을 찾아간다. 박 신부는 그의 아내에게 돈을 전해준다. 그러나 바오로가 자수했다는 기사는 나지 않고 범인 박찬재의 심판이 조만간 있으리라는 기사만 실린다. 다음날, 박 신부는 남산 등으로 다시 찾아가지만 바오로는 집에 없다. 며칠 뒤 강론을 하다가 바오로를 발견하나 그는 강론 중에 나가버린다. 영화 나는 고백한다를 개봉하는 날 열리기로 한 아우의 첫 공판이 연기된다. 박 신부는 영화를 보면서 바오로의 고명과 배신을 생각한다. 박 신부는 바오로가 자수할 것을 기도하면서 기다린다. 마침내 박 신부는 갈등 속에 고명의 비밀을 누설하고, 동생의 공판에서 방청하던 그는 바오로의 침묵과 찬재의 사형 언도에 고함을 지른다. "저 놈이 진범입니다." 그러나 모든 것이 꿈속의 일이었다. 그때 주교는 박 신부의 잠을 깨우면서 바오로가 자수했음을 알려준다. 박 신부는 고해신부로서 고해받은 사실을 누설한 대죄를 범했다며 주교에게 고해성사를 요청한다.