라이를 비롯한 모든 이들이 예란고교에서 평화롭게 다시 생활을 시작하고 있을 무렵 특별 임무를 수행하는 정부기관인 KSA의 안상인과 나연수가 예란고교를 찾아온다 그들의 목적은 기관내에서 일할 미래의 인재를 선발하기 위한 임무를 맡아 후보생으로 지목된 신우와 익한을 테스트하기 위함이었다

 한편, 유니온의 12장로 친위대이자 최강 무력단체 켈베로스와 유리는 한국에 있었던 일련의 사건들 때문에 입국하게 되고, 조사를 위한 것이라며 KSA를 제멋대로 뒤흔들게 되는데….

안상인과 나연수는 신우와 익한을 대상으로 계속해서 조사를 하던 중 그들이 생각만큼 기준에 미치지 못하자 실망한다 그러다 그 둘은 다른 후보생 검증과정을 하게 되는데 그일이 무리한 후보생 검증과정이라는 걸 알게 된 예란고교 이사장인 프랑켄슈타인은 그 일을 빌미로 안상인과 나연수를 학교에서 내보낸다 그리고 KSA에서는 계속해서 예란고교에 그 일에 대해 사과하고 어떻게든 후보생 검증을 다시 하려 하지만 프랑켄슈타인의 강력한 거부로 일이 지연되고 만다

한편 다시 학교를 찾아온 안상인과 나연수는 다시 M-21과 마주치는데 나연수는 그만 M-21의 태도에 그만 화가나서 M-21에게 싸움을 걸게 되고 전부터 그 둘을 탐탁치 않게 여겼던 개조인간이 아닌가 의심을 하던 M-21은 나연수와 붙게 되는데...

평화로운 시간도 잠시 새로운 기관의 등장과 함께 12장로의 친위대인 켈로베스와 함께 유리가 돌아왔다 그것도 KSA를 제멋대로 휘드르며 정보를 캐고 다니는데 라이의 정체가 들키고 마는 건지 그리고 KSA라는 새로운 기관의 등장과 함께 다시 위험에 노출되는 신우와 익한을 비롯한 아이들 유니온의 12장로 또한 닥터 크롬벨도 다시 그들을 주목하기 시작했다 어떤 일들이 벌어질지 기대된다