자는 건숙(健叔), 호는 대곡(大谷)·허부(虛父)·삼산병인(三山病人)이고, 본관은 창녕(昌寧)이다. 조부는 현령 성충달, 부친은 선공감부정 성세준이고, 모친은 비안박씨로 사간 박효원의 딸이다. 조광조의 문인 성수침(成守琛)은 그의 종형이고, 성수침의 아들이 성혼(成渾)이다.
그는 1497년(연산군 3) 서울에서 태어났다. 모친의 권유로 1531년(중종 26)에 생원시와 진사시에 응시하여 모두 합격하여 성균관에 선발되었으나, 어머니가 돌아가시자 곧 집으로 돌아왔고, 이후 1542년(중종 37)에 조정 대신들의 추천으로 사직서 참봉 등에 제수되었으나 취임하지 않았다.
1545년(명종 즉위년) 중형 성우(成遇)가 을사사화로 화를 입은 이후에는 과거를 포기하고 처향(妻鄕)인 보은 종곡(鍾谷)에 내려와 대곡서실(大谷書室)을 짓고 평생을 이곳에 은거하였다.
성운은 일생의 대부분을 보은땅에 은거하면서 학문 활동을 하였고, 조식(曺植)·이지함(李之?)·성제원(成悌元)·서경덕(徐敬德) 등과 깊은 교분을 쌓으며 학문에 정진하였다.
