1958년 전라북도 군산에서 태어나 군산중·고등학교를 거쳐 해군사관학교 제35기로 임관했다. 해군사관학교에서 전기공학 학사를 취득한 뒤 경남대학교 대학원에서 경영학 석사 학위를 받았으며, 이후 경기대학교 정치전문대학원에서 정치학 박사 학위를 취득했다.
해군 복무 기간 동안 미국 해군 대잠수함전 과정, 독일 해군 잠수함 운용 및 전술훈련 과정, 네덜란드 해군 잠수함 함장 과정 등 잠수함 관련 전문 교육을 이수하며 대한민국 잠수함 전력 발전의 현장을 직접 경험했다. 1990년 독일에서 대한민국 해군 최초의 잠수함인 장보고함 인수 과정에 참여했으며, 이후 한국 해군 여덟 번째 잠수함인 나대용함 초대 함장을 맡았다. 또한 해군본부 핵추진잠수함사업단장, 제93잠수함전대장, 방위사업청 잠수함사업팀장, 한·미연합사령부 해상작전과장 등을 역임했다. 총 32년의 군 복무 기간 중 22년을 잠수함 분야에서 근무했으며, 2012년 말 전역했다.
전역 직전인 2012년부터 《국방일보》에 “문근식의 Submarine World”를 연재했으며, 이를 바탕으로 『문근식의 잠수함 세계』와 『왜 핵추진 잠수함인가』를 출간했다. 또한 독일 유보트 승조원의 전투 기록을 담은 『유보트 비밀일기(The Secret Diary of a U-Boat)』를 번역했다.
지상파 및 종합편성채널 뉴스 프로그램 등에 군사평론가로 500회 이상 출연하여 국방·안보·방위산업 이슈를 해설했으며, KBS 교양 프로그램 〈쌤과 함께〉에 출연해 잠수함과 미래 해군 전력에 대해 강의했다. 현재 한양대학교 공공정책대학원 특임교수로 재직 중이며, 코리아타임즈와 시사저널e 등에 국방·안보·방산 분야 칼럼을 정기적으로 기고하고 있다. 또한 YTN2 유튜브 채널 〈문근식의 태스크포스〉를 진행했으며, 다양한 유튜브 채널과 강연을 통해 대중과 소통하고 있다.
