1995년에 고려 말의 위대한 학자이며 정치가였던 가정稼亭 이곡李穀 선생과 목은牧隱 이색李穡 선생, 그리고 그 학맥을 이은 학자들의 학문과 사상을 계승, 발전시키기 위한 연구와 학술 교류 및 학술지 발간 등을 목적으로 설립되었다. ‘목은 선생 서세逝世 600주년 기념 학술대회’(1996)와 ‘가정 이곡 선생 탄신 700주년 기념 학술대회’(1998) 등 여러 차례의 대규모 학술대회를 개최하였으며, 『牧隱 李穡의 生涯와 思想』(일조각, 1996), 『牧隱 李穡의 學問과 學脈』(일조각, 1998), 『韓中牧隱李穡硏究』(예문서원, 2000), 『譯註 稼亭李穀漢詩集』(보고사, 2007) 등 다수의 연구총서를 발간하였다. 매년 2회의 정기 학술발표회를 개최하고 있으며, 앞으로 목은의 학문과 사상을 연구하는 학자를 발굴하여 지원하고, 목은연구회 연구총서도 계속 발간할 계획이다.
