도쿄 이과대학 영예 교수. 도쿄대학 대학원 박사 과정을 수료했으며 1978년부터 도쿄대학 공학부 조교수, 교수를 거쳐 도쿄대학 명예 교수가 되었다. 2010년 도쿄 이과대학 학장을 역임했으며 2018년 도쿄 이과대학 영예 교수가 되었다. 1967년 산화타이타늄을 이용한 광촉매 반응을 세계 최초로 발견하여 화학계에서 혼다-후지시마 효과로 이름이 알려졌다. 2010년 문화공로자상, 2017년 문화훈장을 수상했다. 주요 저서로 『화학자가 들려주는 화학 이야기』 『후지시마 아키라 선생님, 가르쳐 주세요! 과학의 의문』 『과학자와 중국 고전 명언집』 등이 있다.