제1장 서 론
1.1모델링이란 무엇인가?
1.2양자역학적 모델
1.3분자역학적 모델
1.4모델링으로 무엇을 할 것인가?

제2장 유기분자의 구조 모델링
2.1 원자의 결합가와 근거리구조(valence and local geometry)
2.2 입체이성질체(stereoisomer)
2.2.1 광학이성질체(optical isomer)
2.2.2 형태구조와 원거리 구조(conformation and global structure)
2.3 원자의 부분전하(partial atomic charge)
2.4 분자역학적 에너지(interaction and energy)
2.4.1 결합성 상호작용(bonding interaction)
2.4.2 비결합성 상호작용(non-bonding interaction)
2.5 에너지 최적화(energy minimization)
2.5.1 최속강하법(Steepest Descent method)
2.5.2 결합기울기법(Conjugate Gradient method)
2.6 분자동력학(Molecular Dynamics)
2.6.1 열에너지의 도입과 운동방정식
2.6.2 분자동력학의 실행절차
2.7 몬테카를로 모의실험(Monte Carlo simulation)
2.8 랑제방 역학(Langevin Dynamics)
2.9 용액의 분자역학-주기적 복제방법(Periodic Boundary Condition)

제3장 생체분자의 모델링
3.1 아미노산의 구조와 성질
3.2 폴리펩타이드와 단백질의 정규형태구조
3.2.1 알파나선형(Alpha helix)
3.2.2 베타판(Beta sheet)
3.2.3 기타 정규형태구조

제4장 분자모델링의 실제(Practice in Modeling)
4.1 분자정보의 기록과 저장-ASCII 파일과 파일형식
4.1.1 MDL-molfiles(*.mol)
4.1.2 MOPAC Z Matrix-datafile(*.zmt)
4.1.3 Hyperchem-input file(*.hin)
4.1.4 Protein data bank-pdb file(*.pdb)
4.1.5 파일의 상호변환
4.1.6 연습-molecular file과 molecular viewer
4.2 분자의 편집과 구조 파라미터-평면그림과 입체구조
4.2.1 분자의 생성과 입체구조
4.2.2 입체구조의 정량적 기술방법
4.2.3 연습-Chemdraw와 Chem3D 구조
4.3 분자구조의 생성과 초기 에너지
4.3.1 양자역학적 알고리즘의 선택
4.3.2 분자역학적 힘장의 선택
4.3.3 분자의 편집과 에너지의 계산
4.3.4 연습-유기분자의 편집과 에너지 계산
4.4 기하학적 구조최적화에 의한 에너지 최소화
4.4.1 초기구조와 전하의 도입
4.4.2 기하학적 구조최적화 과정과 에너지 변화
4.4.3 최적화구조의 정량적 측정
4.4.4 연습-입체선택성 구조의 편집
4.5 물질의 구조와 색깔
4.5.1 유기염료의 구조
4.5.2 반경험적 전자준위 계산방법
4.5.3 스펙트럼의 해석방법
4.5.4 연습-유기염료와 새로운 색의 창조
4.6 단백질 2차구조
4.6.1 알파나선형과 베타판의 에너지
4.6.2 정규형태구조의 안정화
4.6.3 알파나선형의 수소결합
4.6.4 연습-알파나선형 Alanine과 Lysine, Arginine의 비교베타판형 Alanine과 Lysine, Arginine의 비교
4.7 단백질 은행(Protein Data Bank)
4.7.1 단백질 은행의 역사
4.7.2 X-선 결정학
4.7.3 NMR 분광학적 구조결정
4.7.4 전자현미경에 의한 구조결정
4.7.5 Ligand Explorer
4.7.6 연습-NMR 구조의 분석
4.8 효소 단백질과 기질분자-enzyme and substrate
4.8.1 포도의 보라색 물질
4.8.2 복합체의 결합상태
4.8.3 연습-효소 단백질과 기질사이의 상호작용
4.9 수용체 단백질과 길항제 분자-receptor and antagonist
4.9.1 수용체의 작용제와 길항제
4.9.2 경쟁하는 분자
4.9.3 연습-수용체와 작용제 및 길항제의 상호작용
4.10 분자동력학 1-기체상태의 아스피린
4.10.1 아스피린의 분자동력학 모의실험
4.10.2 분자동력학 실험결과의 분석
4.10.3 연습-형태구조의 유연성
4.11 분자동력학 2-용액속의 아스피린
4.11.1 용액 내에서의 분자동력학 모의실험
4.11.2 용액 내에서의 분자동력학 실험결과의 해석
4.11.3 연습-용매분자와의 수소결합
4.12 분자동력학 3-아스피린과 인지질 분해효소 복합체
4.12.1 효소단백질 구조 손질-수소원자의 삽입과 원자전하
4.12.2 효소-기질 복합체의 파라미터 설정
4.12.3 분자동력학의 실행
4.12.4 효소-기질 복합체 운동력학적 특성
4.12.5 연습-분자동력학의 응용
4.13 랑제방(Langevin) 동력학-가상 용매효과의 적용
4.13.1 모의실험 결과 분석
4.13.2 연습-랑제방 동력학의 응용
4.14 몬테카를로(Monte Carlo) 모의실험-용액속의 아스피린
4.14.1 모의실험의 결과분석
4.14.2 연습-몬테카를로 동력학의 검증
4.15 모의담금질(Simulated Annealing) 동력학-용액속의 아스피린
4.15.1 모의담금질의 결과분석
4.15.2 연습-모의담금질 동력학의 응용

제5장 새로운 출발

참고문헌
부록:분자동력학 실행 스크립트 파일
색인(국문/영문)