모든 미생물 실험에서 미생물을 다루기 위해서는 먼저「무균조작」이라고 하는 방법과 기구 사용법을 익혀야 한다. 무균조작은 외부의 미생물에 오염되지 않도록 배지나 시료를 다루는 방법으로 무균조작을 따르지 않으면 잡균이 혼입되어서 오염이 발생하여 실험을 진행할 수 없게 된다.
---「1.7. 무균조작」중에서

미생물은 고온, 저온, 호알칼리성, 극산성 등의 극한환경을 포함하여 어디에나 존재하는데, 농업과 관련된 생태계로는 논토양, 밭토양, 식물주변(근권, 종자권 등), 토양입단 등이 있다.
---「1.8. 미생물의 서식지」중에서

분류학(taxonomy)은 생물학의 한 분야이며, 살아있는 모든 생물을 기준에 따라 특성별로 유사한 것들로 묶어서 나누는 것으로, 분류, 동정, 명명을 포함한다.
---「2.1. 미생물 분류학」중에서

미생물은 매우 작아서 육안으로는 식별할 수 없지만 현미경을 통해서 관찰할 수 있다. 미생물의 세포(cell)를 현미경으로 관찰하면 막대형, 구형, 나선형, 비정형 등을 관찰할 수 있고, 전자현미경을 통해서는 편모와 섬모를 관찰할 수 있으며, 이들은 미생물의 운동성과 관련되어 있다.
---「2.3. 미생물 분류학-형태학적 분석」중에서

토양미생물과 식물뿌리는 그 생리적 활동의 일부로서 토양으로 여러 가지 효소를 방출하는 유리효소를 토양효소라고 한다. 토양에는 끊임없이 유기물이 공급된다. 이들 유기물은 주로 미생물이 분비하는 토양효소군의 작용에 의해서 분해 대사되어 단순한 무기화합물이 된다. 일부는 재차 식물에 흡수 이용되는 등 세포 밖으로 배출된다.
---「3.5. 토양효소」중에서

농업환경에서 유용미생물의 기능은 식물에 영양공급(미생물비료), 식물 생장촉진, 작물보호, 생물학적 환경복원, 생물학적방제 등이 있다.
---「3.8. 유용미생물」중에서

식물 뿌리와 접촉해 있는 토양권을 일컫는 근권은 미생물 활동의 핫스팟이며, 근권에 서식하는 미생물은 다양한 기작을 통해 영양분 가용성을 촉진하고 병원균을 억제하며 식물 생장을 자극함으로써 식물 건강에 영향을 미친다.
---「4.1. 식물과 미생물 공생의 기초」중에서

지속 가능한 농업이란 토양 건강을 유지하고 환경 영향을 줄이며 장기적인 농업 생산성을 보장하는 농업이라고 할 수 있다. 이를 위해서는 미생물의 역할을 이해하고 매우 적절하게 활용하는 것이 중요하다. 미생물은 질소고정, 인산 가용화 및 유기물의 분해를 통해 영양분을 순환시킨다.
---「4.10. 지속가능한 농업과 미생물의 중요성」중에서

농업용 유용미생물은 토양 환경을 개선하여 작물의 생육 촉진을 돕고 병해충을 감소시켜 주며 축사 악취 제거 및 가축의 면역력 강화에 도움을 준다. 토양에는 여러 종류의 박테리아가 식물의 뿌리나 그 표면에서 질병을 유발하는 미생물과 경쟁하여 식물의 감염을 막아준다.
---「5.2. 농업에서 유용한 미생물」중에서

퇴비화의 핵심 역할 중 하나는 박테리아, 곰팡이 및 방선균을 포함하는 미생물이 복잡한 유기물을 식물이 영양분으로 사용할 수 있는 더 간단한 화합물로 분해하는 것이다36
---「6.8. 미생물의 퇴비화」중에서

광물이 분해되면 식물 생장과 미생물 활동에 필수적인 영양소인 칼륨, 칼슘 및 미량 원소가 토양으로 배출된다. 식물은 미생물의 풍화로 인해 영양분의 가용성이 증가하므로 이점을 얻고, 그 대가로 식물은 미생물 군집을 지원하는 유기화합물을 배출하여 공생관계를 형성하게 된다.
---「7.7. 광물의 미생물 풍화」중에서

미생물 기탁과 분양의 종류에는 일반기탁 및 분양, 특허기탁 및 분양, 안전기탁 및 분양, 연구성과 기탁 및 분양 등이 있다.