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책소개
목차
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1장. 생물학과 전산학
DNA의 구조 단백질의 구조 인 실리코 컴퓨터 사용의 한계 2장. 펄 시작하기 쉽지만 오래 공부해야할 언어 펄의 장점 펄 설치 펄 프로그램 실행 방법 문서 편집기 도움말 찾기 3장. 프로그래밍 기술 프로그래밍, 무엇부터 시작할까 편집, 실행, 수정, 저장 프로그래밍 환경 프로그래밍 전략 프로그래밍 과정 4장. 서열과 문자열 서열 데이터의 표현 DNA 서열 저장을 위한 프로그램 DNA 조각 연결 전사 : DNA를 RNA로 펄 문서의 사용 펄의 역상보 계산 단백질, 파일, 배열 파일에서의 단백질 해석 배열 스칼라 문맥과 리스트 문맥 연습문제 5장. 모티프와 루프 제어 흐름 코드 배치 모티프 탐색 뉴클리오타이드 개수 세기 문자열을 배열로 분해하기 문자열에서의 연산 파일에 쓰기 연습문제 6장. 서브루틴과 버그 서브루틴 스코핑과 서브루틴 명령어 라인 인자와 배열 데이터를 서브루틴으로 보내기 서브루틴 모듈과 라이브러리 코드의 버그 수정 연습문제 7장. 변이와 임의화 임의수 생성기 임의화를 사용한 프로그램 DNA 변이 모의실험 프로그램 임의의 DNA 생성하기 DNA 분석 연습문제 8장. 유전자 코드 해시 생물학을 위한 데이터 구조와 알고리즘 유전자 코드 DNA를 단백질로 번역하기 FASTA 포맷 파일에서 DNA 데이터 읽기 리딩 프레임 연습문제 9장. 제한 지도와 정규 표현식 정규 표현식 제한 지도와 제한 효소 펄 연산자 연습문제 10장. GenBank GenBank 파일 GenBank 라이브러리 서열과 주석 분리하기 주석 파싱하기 DBM을 이용한 GenBank 인덱싱 연습문제 11장. 단백질 데이터 뱅크 PDB 개요 파일과 폴더 PDB 파일 PDB 파일 파싱 다른 프로그램 제어 연습문제 12장. BLAST BLAST 구하기 문자열 매칭과 상동성 BLAST 출력 파일 BLAST 출력 파싱 데이터 표현 바이오펄 연습문제 13장. 그 밖의 논제 프로그램 디자인 기술 웹 프로그래밍 알고리즘과 서열 정렬 객체 지향 프로그래밍 펄 모듈 복합 데이터 구조 관계형 데이터베이스 마이크로어레이와 XML 그래픽 프로그래밍 네트워크 모델링 DNA 컴퓨터 부록 A. 리소스 부록 B. 펄 요약 |
저자 소개
저자 : 제임스 티스달
바이오인포매틱스 소프트웨어를 개발하고 교육하는 킴버튼 바이오컴퓨팅 어소시에이츠(Biocomputing Associates of Kimberton)에서 컨설팅을 하고 있다. 머레이 힐에 있는 벨 연구소에서 일했으며, 뉴저지의 스피치 리서치 디파트먼트(Speech Research Department)에서 프로그래밍을 하기도 했다. 벨 연구소에 있을 당시 음악 리듬을 분석하는 일반 언어를 개발한 바 있으며, 구조 복합 이론을 발표했다. 그는 뉴욕 주립 대학교에서 수학 학사 학위를 취득했으며 콜롬비아 대학교에서 컴퓨터 공학 석사, 미시건 대학교와 펜실베니아 대학교에서 컴퓨터 공학 박사 학위을 취득했다.
역자 : 박현석
서울대학교 학사, 펜실베니아 대학교 석사, 캠브리지 대학교 전산학 박사를 취득하고 현재 세종대학교 컴퓨터공학과 교수로 재직하고 있다. 동경대학교 정보과학과에서 휴먼게놈센터와 공동으로 GENIA 프로젝트를 수행하였으며, 현재 (주)마크로젠 이사로도 활동하고 있다. 생체정보 경로지도 자동구축용 툴 제작, Genome Annotation, SNP 분석, Text Mining에 관련된 프로젝트를 수행하고 있다.
품목정보
- 발행일
- 2002년 03월 31일
- 쪽수, 무게, 크기
- 510쪽 | 크기확인중
- ISBN13
- 9788979141801
책 속으로
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해시를 사용하여 데이터 내의 유전자를 찾을 수도 있다. 키는 유전자 이름, 값은 표현식 수치여야만 해시를 사용할 수 있다. 그러면 원하는 유전자의 이름을 키로 해서 해시 함수를 호출하면 이 유전자의 실험 측정치를 반환하여 답을 얻게 된다. 이 과정은 유전자 이름과 유전자 결과를 하나의 스칼라 문자열에 저장하는 것보다 훨씬 명료하다.
--- p.237 |
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정규 표현식은 연산자와 같은 특수한 와일드카드를 사용해 하나 이상의 문자열을 매칭하는 방법이다. 정규 표현식은 하나의 단어만큼 간단할 수 있으며 해당하는 단어를 매칭시키거나 좀더 복잡한 정규 표현식을 사용해 상이한 단어의 커다란 조합을 매치시킬 수도 있다(심지어 모든 단어까지!).
--- p.122 |
