남정현은 1933년 충남 당진군 정미면 매방리에서 아버지 남세원과 어머니 이낙년 사이에서 2남 2녀 중 장남으로 태어났다. 초등학교 시절을 일제 강점기에 보내고 5학년 때 팔일오 해방을 맞이했으며 17세 때에 육이오를 목격했다.

남정현이 소설가로 등단한 것은 1958년 9월 단편소설 『경고 구역』을 『자유문학』에 투고해 소설가 안수길의 추천을 받고, 1959년 2월 『굴뚝 밑의 유산』으로 『자유문학』에 추천 완료되면서였다. 그는 등단 이후 1965년 분지 필화 사건으로 구속되기 전까지 매해 중단편소설을 발표했다. 서구 문화의 유입에 의한 가치관의 전도 상황을 비정상적인 남녀 관계 중심으로 서술해 풍자했던 중편소설 『너는 뭐냐』는 1961년 제6회 동인문학상 수상작이다. 『너는 뭐냐』의 결말에 등장하는 군중의 시위는 1960년의 사일구 혁명을 연상케 한다. 『모의 시체』, 『인간 플래카드』, 『기상도』, 『현장』, 『부주전 상서』 등이 이 시기의 작품이다.
남정현은 초기부터 지금까지 체제 저항적이고 외세를 비판하는 작품을 발표했다. 그는 약소국, 주변국의 일원으로서 한민족이 겪어왔던 외세 강압에 의한 영향을 한국 역사를 인식하는 기본 조건으로 설정하고 있다. 그의 소설에서 주로 형상화되어 나타나는 ‘민족적 양심’의 발현에 대한 희망, 자주에 대한 염원은 그러한 역사 인식에 기원을 두고 있다.

작가 이력에서 가장 특징적인 것은 분지 필화 사건이라 불리는 『분지』 사건이다. 『분지』는 남정현이 1965년 『현대문학』 3월호에 발표했던 작품이다. 북한에서 그 작품 전문을 당 기관지인 『통일전선』(5월 8일)과 『조국통일』(7월 8일)에 실은 것이 화근이 되어 남정현은 반공법(지금의 국가보안법) 위반으로 구속되었다. 재판에서 7년을 언도받았고 2년 동안 실형을 살았으며 1967년 선고유예 판결로 석방되었다. 당시 남정현은 “이 소설은 당신이 쓴 게 아니라 북괴의 어떤 인사가 써서 당신에게 건네주어 발표시킨 것이 틀림없으니 그 경위를 밝혀라”라는 심문을 받았던 것으로 전해진다(자세한 사항은 장석주, “반공법의 족쇄에 묶인 『분지』”, 『20세기 한국 문학의 탐험 3』, 시공사, 2000. 234∼239쪽 참조). 남정현은 반공법 위반으로 우리 역사상 처음 구속 수감된 작가였다. 당시 공소장 작성자는 『분지』의 내용을 문제 삼으며 “북괴의 대남 적화 전략의 상투적 활동에 동조한 것이다”라고 결론지었다. 재판정에서 문학의 자유를 변호하고 증언했던 인사는 한승헌, 이항녕, 안수길, 이어령 등이었다.

남정현은 석방 이후 장편 『코리아 산책』을 연재했으며 풍자연작소설 『허허 선생』을 발표하기 시작했다. 『허허 선생』은 일제 때는 일제에, 해방 후에는 미국에 동조해 부를 축적했던 물신주의자를 허허 선생이라 명명해 풍자한 소설이다. 허허 선생은 남정현의 용어로 말해 ‘민족적 양심’이 없는 인물이다. 남정현은 1974년 민청학련 사건으로 구속되었다가 긴급조치 해제로 석방되었다. 그는 감옥 생활과 기관의 심문 과정에서 받았던 고통의 후유증으로 말미암아 신경안정제를 복용하지 않으면 정신 집중이 되지 않아 글을 쓸 수 없게 되었다고 밝힌 바 있다. 정치권력과 관계된 그의 작가 이력은 1960년대 이후의 한국 정치 상황을 압축적으로 보여준다.

창작집으로 『너는 뭐냐』(1965), 『굴뚝 밑의 유산』(1967), 『준이와의 삼 개월』(1977), 『허허 선생』(1978), 『허허 선생 옷 벗을라』(1993)가 있다. 장편소설로 『사랑하는 소리』(1978)가 있다. 작가 이력을 배제하고 작품을 읽는다면 우리는 외설과 풍자의 경계선상에서 독특한 문학 세계를 이루고 있는 남정현 소설의 미학을 발견할 수 있을 것이다. 극단적인 상황 설정과 과장된 인물 행동, 의외의 결말이 등장하는 점은 초기작부터 후기작까지 일관되는 특징이다. 남정현은 민족문학작가회의(현 한국작가회의)의 고문과 펜클럽 이사를 역임했으며 2020년 12월 21일 향년 87세로 타계했다.