1회
목장에서 날뛰는 말을 순식간에 제압하는 명환(손창민). 도준(전노민)은 말을 빠르게 치료하는 마의들을 보고 호기심을 느낀다. 왕실 의료기관이자 의생교육기관인 전의감에서 만난 도준과 명환. 전의감에는 대제학 대감의 장남으로 반가 출신인 도준과 마의의 아들인 명환에 대한 소문이 퍼진다.

2회
12년 후, 외딴 섬에서 석구(박혁권)와 살아가는 광현(안도규). 광현은 도성에 가고 싶어 수차례 도전하지만, 석구의 극심한 반대에 매번 실패한다. 한편, 효종(최덕문)은 12년전 소현세자(정겨운)의 죽음에 대해 의문을 가지고 재수사를 명한다.

3회
왈패들과 명환(손창민)의 수하로부터 도망치다가 광현(안도규)은 영달(노정의)이 계집아이라는 걸 알게 된다. 한편, 효종(최덕문)은 소현세자(정겨운)의 죽음에 관한 내용을 보고받은 뒤 도준(전노민)의 무고함을 널리 밝히고, 가문의 모든 것을 신원하여 회복할 것을 명한다.
이 소식을 들은 석구(혁권)는 12년 전 살인사건의 진실을 증언하려 한다.

4회
영달(노정의)은 명환(손창민)을 만나 하루아침에 양반이 되고, 지녕이라는 이름으로 불리게 된다. 한편, 광현(안도규)은 죄인의 아들이라는 누명을 쓰고 군관들에 쫓기던 중 화살을 맞고 절벽에서 떨어지고, 정신을 잃어 파도에 휩쓸리던 광현은 한 목장에 다다른다.

5회
말에 치인 성하(남다름)는 정신을 잃게되고, 정두(서범식)는 성하를 다치게 한 말을 칼로 찌른다. 이를 본 광현(안도규)은 말을 살리기 위해 사암도인(주진모)을 찾아간다. 8년 후, 광현(조승우)은 목장에서 말뿐만 아니라 여러 짐승들까지 고쳐내는 마의로 성장한다. 어느 날 광현은 자봉과 함께 조정에서 맡긴 말을 위한 약을 구하러 도성으로 간다.

6회
주점에서 마주치게 된 광현(조승우), 지녕(이요원), 숙휘공주(김소은), 자봉(안상태). 숙휘공주는 자신을 공주라고 믿지 않았던 광현과 자봉이 괘씸하여 두 사람을 포박해올 것을 명한다. 그리고 광현에게 자신이 키우는 고양이를 살려내지 못할 경우 죽음을 면치 못할 것이라고 한다. 한편, 청국에 진상할 말이 폐풍에 걸리자 모든 책임을 기배(이희도)가 물게 된다. 광현은 기배와 말을 살려내기 위한 방법을 찾는다.

7회
기배(이희도)와 말을 살리기 위해 마의사복들이 손도 써보지 못한 말을 고쳐내겠다는 광현(조승우). 명환(손창민)은 광현에게 모든 책임을 지고 말을 고쳐보라고 한다. 한편, 지녕(이요원)은 이 타인마을에서 봤던 마의의 이름이 백광현이라는 이야기를 듣고, 정두(서범식)에게 자신이 아는 백광현과 동일인물인지 알아보도록 지시한다.

8회
마의 사복시에 들어가게된 광현(조승우). 진귀한 동물들을 직접 눈으로 보고 흥분을 가라앉히지 못한다. 혜민서 의녀가 된 지녕(이요원)은 사복시로 파견되고, 마의들의 교육을 맡게 된다. 광현과 함께 새로운 사복시 생활을 시작하게 된다.

9회
소의 역병이 사람들에게도 퍼져나가고, 이를 해결하기위해 도성의 모든 마의들과 혜민서 의원들이 모두 이천으로 파견된다. 명환(손창민)은 소의 천연두가 사람들에게 옮고 있다고 주장하지만 고주만(이순재)과 광현(조승우)은 이에 의문을 갖는다. 한편, 광현과 함께 역병의 원인을 찾는 지녕(이요원)의 몸에 역병의 증상인 반점들이 나타나기 시작한다.

10회
지녕(이요원)은 광현(조승우)에게 물에 역병의 원인이 있을 것이라고 전하며, 원인을 찾는 것을 절대 포기하지 말라고 한다. 광현은 밤새도록 마을 곳곳을 돌아다니며 문제가 될 만한 요소들을 찾아보지만 계속해서 허탕을 치고만다. 한편, 정성조(김창완)와 명환(손창민)은 현종(한상진)의 총애를 받는 고주만(이순재)이 수의 자리에 앉는 것에 불만을 갖는다.

11회
수의 자리에 오른 고주만(이순재)은 약재상들로부터 촌지를 받은 의관들을 모두 처벌하라고 명하고, 정성조(김창완)와 명환(손창민)은 고지식한 행동이라며 큰 불만을 갖는다. 한편, 완쾌한 지녕(이요원)은 사복시로 향하고, 지녕이 반가운 마의들은 아프다며 맥을 짚어달라고 장난을 친다. 광현(조승우)은 사내들의 장난을 받아준다며 잔소리를 하고, 지녕은 마의의 맥 상태가 좋지 않아 걱정한다.

12회
고주만(이순재)은 기존에 추천제로 진행되어 온 의생 선발 제도를 시험제로 전환시켜 실력뿐만 아니라 환자를 위하는 마음까지 갖춘 인재들을 선발하려 한다. 한편, 마의가 사람에게 침을 놓았다는 죄로 끌려간 광현(조승우). 지녕(이요원)은 마의 주제에 의원이 할 일을 했다며 자책하는 광현을 보고 마음이 아파온다.

13회
인의가 될 것을 다짐하는 광현(조승우). 마의 출신 광현이 의생 시험에 도전한다는 이야기를 듣고 모든 사람들이 광현을 무시한다. 한편, 광현이 좋은 의원이 될 수 있을 것이라 믿는 지녕(이요원). 광현이 공부하는 것을 도와주며 의생 시험을 통과할 수 있도록 돕는다.

14회
동인경에 정확히 침을 찔러넣는 광현(조승우). 지녕(이요원)은 처음이라고 믿을 수 없는 실력을 보여준 광현을 보고 놀란다. 한편, 지녕이 광현의 의생 시험공부를 도와주고 있다는 것을 알게 된 명환(손창민). 분노한 명환은 광현이 시험을 볼 수 없게 하라고 지시를 내린다.

15회
명환(손창민)의 명령으로 노복들은 광현(조승우)에게 가려는 지녕(이요원)을 집에서 못나가게 한사코 막는다. 지녕은 이 집의 진정한 주인은 자신이라며 단호하게 다그친다. 한편, 팔이 엉망이 된 광현. 고주만(이순재)을 비롯한 혜민서 사람들 그리고 숙휘(김소은)까지 나서서 광현의 팔을 고치는데에 힘을 쓴다. 숙휘의 도움을 받은 지녕은 광현의 치료에 필요한 약재를 구하러 간다.

16회
명환(손창민)은 지녕(이요원)과 성하(이상우)를 혼인을 시킬 때가 왔다 생각하고 두 사람의 혼사를 서두른다. 하지만 성하는 지녕의 마음이 중요하다며 조금 더 기다려달라고 한다. 한편, 인주(유선)는 기배(이희도)를 불러 광현(조승우)의 노비안 기록이 거짓이 아니냐며 진실을 말해달라 부탁한다.

17회
광현(조승우)이 시체실에서 숨이 붙어있던 환자를 살려내자, 죽은 사람도 살리는 침술을 지니고 있다는 소문이 돈다. 명환(손창민)은 이를 못마땅해하며 고주만(이순재)을 찾아가 의생이 허락 없이 시침했다며 항의하지만, 고주만은 오히려 명환이 두려워하는 것이 무엇인지 묻는다. 한편, 광현으로부터 자극을 받은 지녕(이요원)은 늦은 밤까지 홀로 시침 연습에 열중하고, 인주(유선)는 그런 지녕의 모습을 보며 흐뭇해한다.

18회
윤태주(장희웅)와 함께 의관취재 임상 시험을 보게 된 광현(조승우). 고주만(이순재)은 초조해하는 광현에게 마의 경험이 좋은 자산이 될 거라 조언해준다. 한편, 명환(손창민)은 광현이 시험을 통과할지도 모른다는 생각에 표정이 굳고, 이에 권석철(인교진)은 이 일을 자신에게 맡겨달라고 한다.

19회
임금의 병을 짐승의 병과 비교한 죄로 광현(조승우)은 혜민서 출교 조치를 받는다. 고주만(이순재)은 부당한 일이라고 출교 조치를 반대하지만 의관과 의생들이 이에 반발하며 짐을 싸기 시작한다. 한편, 명환(손창민)과는 달리 이번 일이 부당하다고 생각한 성하(이상우)는 뜻이 있는 선비들을 모집한다.

20회
광현(조승우)은 현종(한상진)이 치유되고 있다고 주장하며, 고주만(이순재)이 치료할 수 있게 해달라고 대비(김혜선)에게 간청한다. 한편, 고주만이 현종의 치료를 하는 것에 위기를 느낀 명환(손창민). 고주만이 시침을 하지 못하도록 손을 쓴다.

21회
윤태주(장희웅)는 고주만(이순재)을 찾아가 자신의 진단이 잘못되었는데도 합격한 것은 부당하다며 이번 의관취재 결과를 번복해달라고 부탁한다. 한편, 고주만은 혜민서에서 그동안 폐지되었던 치종청을 재건하여 백성들의 종기치료를 시작할 것이라 선언한다. 이에 광현(조승우)과 지녕(이요원)의 두 눈이 빛난다.

22회
광현(조승우)에게 모든 출생의 비밀을 알리려는 인주(유선). 광현과 지녕(이요원)을 바라보며 마음이 무너져 내리고, 고주만(이순재)에게 모든 사실을 말하고 만다. 한편, 짐승을 절개하고 싶다고 말하는 지녕. 지녕을 기다리던 광현에게 한 사내가 찾아와 서은서(조보아)가 쓰러졌다며 치료를 부탁한다.

23회
양반댁 규수를 희롱했다는 죄로 의금부에 끌려가는 광현(조승우). 자신의 시료를 받지 않았다는 서은서(조보아)의 증언으로 추국을 피할 수 없게 된다. 한편, 지녕(이요원)이 나서는 것이 걱정되는 성하(이상우)는 광현과 지녕 사이에 이상한 소문이 돌고 있다며 이번 일에 신경쓰지 말라고 한다. 하지만 지녕은 겪어야 할 일이라면 피하지 않겠다며 광현이 시료했다는 증언을 할 방법을 찾는다.

24회
인주(유선)는 광현(조승우)에게 강도준(전노민)의 유일한 유품인 침함을 건네주며, 광현과 지녕(이요원)을 둘러싸고 있는 출생의 비밀을 모두 밝힌다. 친부로 알고 있던 사람이 양부이었던 것과 동시에 강도준이 자신의 친부이었던 것을 안 광현은 충격을 받고 모든 사실을 알아내려 한다. 광현은 자신이 강도준의 아이라는 것을 밝히려는 인주를 막는다.

25회
부골저로 의식불명이 된 고주만(이순재). 고주만을 아끼던 현종(한상진)은 어떤 방법을 통해서라도 고주만을 치료하라고 하지만 그 누구도 쉽게 나서지 못한다. 현종은 이명환(손창민)에게 고주만의 시료에 대한 책임을 맡긴다. 이를 들은 광현(조승우)은 이명환을 찾아가 다시는 그 어떤 것도 뺏기지 않겠다고 말을 한다.

26회
고주만(이순재)의 상태가 상상 이상으로 악화되어 시술을 못한채 절망하는 광현(조승우)과 인주(유선). 이 소식을 들은 지녕(이요원)은 광현과 장인주를 찾아가 고주만의 살릴 수 있는 시술 방법을 찾아낸다. 모든 일의 배후에 이명환(손창민)이 있었다는 사실을 알고 충격을 받는 지녕. 광현은 지녕에게 아무도 모르는 데로 떠나지 않겠냐고 묻는다.

27회
강도준(전노민)의 아이가 지녕(이요원)이 아니라 광현(조승우)이라는 사실을 확인한 명환은 폐가에 끌고 온 광현을 어디론가 끌고간다. 끌려 간 광현을 찾기 위해 지녕은 포청으로 급히 달려간다. 한편, 몸을 뒤틀며 고통스러워하던 주만(이순재)은 급하게 자신의 침통을 가져오라 한다.