메리, 퀸 오브 스코틀랜드는 카리스마 있는 메리 스튜어트(아카데미상® 후보+ 시얼샤 로넌)의 굴곡진 삶을 다룬다. 16세에 프랑스 여왕이 되고 18세에 남편을 잃은 메리는 재혼의 압박에 굴하지 않고 고향인 스코틀랜드로 돌아와 적법한 왕좌를 되찾으려 한다. 혈통상 메리는 잉글랜드의 여왕으로 통치중인 엘리자베스 1세(아카데미상® 후보+ 마고 로비)의 후계자 자격도 갖고 있다. 명목상의 왕위가 아닌, 가능한 최대의 실세를 얻고자 결심한 메리는 잉글랜드의 왕위 자격을 주장하며 엘리자베스의 통치권을 위협하고, 권력과 사랑에 있어 라이벌인 두 여왕은 결혼과 아이에 대해 매우 다른 선택을 한다. 배신과 반란, 음모는 두 여왕 모두를 위태롭게 하며 사이를 가르고, 두 여인은 권력의 씁쓸한 대가를 치르게 된다.