무간도 - 홍콩 경찰의 비밀 요원인 진영인(양조위 분). 경찰학교에서 훈련을 받다가 발탁된 그는 범죄 조직 '삼합회'에 잠입하여 10년째 조직원을 위장한 스파이로 살아가고 있다. 전과 8범에 2번의 형기를 치른 완벽한 범죄자가 되어 있는 그는 현재 보스 한침이 가장 신임하는 심복이기도 하다. '삼합회'의 숨은 조직원 유건명(유덕화 분). 18살 때부터 경찰에 잠입해 스파이로 활동해온 그는 현재 경찰 내에서 가장 뛰어난 강력반 요원으로 인정받고 있다. 경찰로서의 경력이 벌써 10년째에 이르는 그는 이제 그만 조직원으로서의 신분을 버리고 싶어한다.

진영인과 유건명은 '삼합회' 보스의 범죄를 캐내는 대대적인 작전 중에 서로의 존재를 감지한다. 유건명의 정체를 밝혀 떳떳한 경찰이 되려는 진영인과 스파이 신분에서 벗어나기 위해 보스를 제거하고 진영인의 비밀 기록을 없애려는 유건명. 숨막히게 서로를 추적해 가는 두 사람의 운명은 점점 다른 방향으로 엇갈리는데.

무간도 2 - 허공을 울리는 총성...'삼합회'의 보스 '곤'이 암살 당한다. 이후 조직은 한 순간에 혼란에 빠지고, 보스의 아들 예영효(오진우)가 전격적으로 새로운 보스의 자리에 오른다. 보스가 된 예영효는, 자신의 아버지 죽음과 관련된 복수의 숙청작업을 시작하고, 보스 '곤'에게 충성을 다했던 한침(증지위)에게도 위험이 다가온다. 경찰인 황국장(황추생)은 '삼합회' 조직의 와해를 위해서, 그리고 한침의 아내 메리(유가령)는 남편의 성공을 위해서 비밀리에 서로 연대하지만 결국 그들의 합작은 조직과 경찰 모두에게 치유할 수 없는 상처를 가져다 주는데.

한침의 부하 유건명(진관희)은 한침의 아내 메리를 짝사랑한다. 그는 메리를 위해 자신의 인생을 걸고 보스를 암살한 후, 조직을 다시 평정하려는 한침의 계획에 따라 경찰내 조직 스파이가 되기에 이른다. 야망 있는 경찰 진영인(여문락)은 죽은 보스의 아들이자, 새로운 보스 예영효의 이복동생이다. 황국장의 제의를 받은 그는 혈육과 명예 사이에서 심적 갈등을 느끼지만 결국, 조직 내로 침투하여 경찰 스파이로 일하게 된다.

무간도 3 - 경찰 내부에 침투한 조직 스파이 유건명(유덕화 扮), 그리고 범죄조직 삼합회의 소탕을 위해 침투한 경찰 스파이 진영인(양조위 扮). 서로 엇갈린 운명을 살아가는 이들은 날이 갈수록 자신의 정체성에 혼란을 느낀다. 삼합회에 점점 깊숙이 개입될수록 극심한 정신적 고통에 시달리던 진영인은 정신과 상담의 닥터 리(진혜림 扮)를 만나게 되면서 마음의 상처를 조금씩 덜어나간다. 삼합회에 위장 잠입한지 10년… 삼합회의 보스 한침(증지위 扮)의 확실한 신임을 얻기 위해 진영인은 심등(진도명 扮)을 제거하기 위한 미끼가 되기로 결심 하는데… 2002년 12월. 운명은 점차 비극을 향해 내닫는다.

한편, 경찰에 잠입한 10년동안 유건명은 가장 뛰어난 강력반 요원으로 자리를 잡아나가고, 점점 완전한 경찰이 되어가면서 조직에서 완전히 손을 빼고 싶어한다. 삼합회 보스의 범죄를 캐내는 대대적인 작전 중 서로의 존재를 눈치채게 된 유건명과 진영인. 숨막히는 추격끝에 둘은 서로에게 총을 겨누지만, 진영인은 결국 또다른 조직스파이에 의해 비극적인 죽음을 맞이하게 되는데…

2004년. 마침내 모습을 드러내는 운명의 결말. 과연 진실은 무엇인가? 진영인의 죽음이후 한직으로 쫓겨나 경찰 내부 조사의 대상이 된 유건명. 힘겨운 시간을 보내던 유건명은 경찰 내부 최고의 엘리트인 보안부 반장 양금영(여명 扮)을 보며 자신의 지난 전성기를 떠올린다. 하지만 어느 순간 유건명은 양금영에게 수상한 기운을 느끼고 비밀리에 자체 조사를 시작하게 된다. 양금영에 대한 조사를 시작한 지 얼마 되지 않아 유건명은, 삼합회에 맞서는 또다른 범죄조직의 보스 심등과 양금영이 얽혀 있는 놀라운 비밀들을 마주하게 되는데…