슈렉과 피오나는 다시금 평화를 찾은 '겁나먼 왕국'에서 평온한 하루를 보내며 곧 자신들의 늪에 돌아갈 날만 기다리고 있다. 그런던 어느날 피오나의 아버지인 해롤드 왕이 위독해지고 슈렉과 피오나가 왕위를 계승해야하는 상황이 벌어진다. 어떻게 해서든 왕위계승만은 피하고 싶은 슈렉은 해롤드왕에게서 왕위 계승 서열 2번째인 '아더왕자'가 있다는 말을 듣고 동키와 장화신은고양이와 함께 아더왕자를 찾아 모험을 떠난다.
한편 해롤드왕이 위독하다는 말을 들은 프린스 챠밍은 후크선장을 앞세워 동화 속 악당들을 모아 왕위를 차지하려는 음모를 꾸미고 슈렉이 아더왕자를 찾아 떠난 사이 겁나먼 왕국으로 쳐들어 온다. 피오나 공주만 처리하면 모든게 완벽할거라 확신했던 프린스 챠밍과 후크선장. 그러나 피오나 공주는 다른 공주들과 함께 힘을 합쳐 반격을 시작한다.