연금술은 "등가 교환"의 원칙 아래, 물질을 이해, 분해, 그리고 다시 구축하는, 최첨단의 과학이다.
이 연금술에 있어 가장 큰 금기로 여겨지는 것은 바로 "인체 연성".
그러나 돌아가신 어머니를 잊지 못 해 금기를 범하고 모든 것을 잃고만 어린 형제 에드워드 엘릭과 알폰스 엘릭.
이 두 사람은 잃어버린 것을 되찾기 위해 "현자의 돌"을 찾아 여행을 떠나고, 그 진실에 가까워질수록 큰 음모의 소용돌이 속으로 빠져들고만다.

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