브루클린의 평범한 중학생 마일스 모랄레스는 애런 삼촌과 함께 놀러갔다가 방사능 거미에 물려 스파이더맨 능력을 갖게 된다. 혼란스러운 마일스는 거미를 찾으러 간 알케맥스 건물에서 악당 킹핀의 계략을 저지하려는 스파이더맨을 목격한다. 폭발 사고로 뜻을 이루지 못한 스파이더맨은 킹핀의 차원이동기를 파괴할 수 있는 열쇠를 마일스에게 넘기고 죽는다. 킹핀의 실험 여파로 뉴욕에서 이상한 일들이 벌어지는 가운데, 마일스는 다른 평행우주에서 온 스파이더맨 피터 B. 파커를 만나게 된다. 차원이동기가 모든 것을 사라지게 하기 전에 막아야만 하는 마일스와 그 기계를 작동시켜 자신의 세계로 돌아가려는 피터 B. 파커는 의기투합한다. 그런 두 사람 앞에 스파이더 그웬, 스파이더맨 느와르, 페니 파커, 스파이더 햄 등 각기 다른 평행우주에서 존재하는 스파이더맨들이 나타나는데…