DISC 1
1) Pilot
2) Allen
3) Cell Test
4) Cute Poison
DISC 2
5) English, Fitz or Percy
6) Riots, Drills and the Devil(part Ⅰ)
7) Riots, Drills and the Devil(part Ⅱ)
8) The Old Head
DISC 3
9) Tweener
10) Sleight of Hand
11) And Then There Were 7
12) Odd Man Out
DISC 4
13) End of the Tunnel
14) The Rat
15) By the Skin and the Teeth
16) Brother's Keeper
DISC 5
17) J-Cat
18) Bluff
19) The Key
20) Tonight
DISC 6
21) Go
22) Flight

건물 구조공학자인 마이클은 부통령의 동생을 죽였다는 누명을 쓰고 복역중인 형 링컨 버로우스의 사형 집행일이 다가오자 중대한 계획을 실행한다. 형의 무죄를 확신한 순간부터 그를 탈옥시키고 무죄를 입증하기 위해 차근차근 준비해왔던 그는 고의로 범죄를 저지르고 형이 있는 폭스 리버 주립교도소에 수감된다. 그리고 감방 메이트 수크레를 비롯해서 탈옥 후 비행기를 제공 해 줄 수 있는 마피아 두목 존, 교도소 주치의이자 주지사의 딸 사라, 외부에 거액을 숨겨둔 찰리 등을 포섭해 나간다.
마이클은 예상치 못했던 사건들로 위기를 맞이하면서도 비교적 순조롭게 탈옥 계획을 진행시킨다. 드디어 탈옥을 감행하는 날, 마이클 일행은 탈출구로 향하지만 전혀 뜻밖의 벽에 부딪히면서 모든 계획은 수포로 돌아가게 되는데…