이야기의 출발은 1950년.
당시 아인슈타인은 원자폭탄의 발명으로 이미 전 세계적인 유명 인사가 되어 있었다. 역사적으로는, 일본의 히로시마에 원자폭탄이 터진 뒤였다. 아인슈타인은 당시 프린스턴 대학에 재직 중이었는데 대학 식당에서 페기라는 여학생이 다가와 이렇게 얘기한다.
선생님은 자신이 자랑스러우세요? 원자폭탄으로 사람들이 수백만 명이나 죽었는데…….
그 말에 식당에 있던 모두가 환호성을 올린다.
그 날 밤, 아인슈타인은 잠을 못 이루며 뒤척이다가 페기 학생에게 편지를 써서 자신의 입장을 설명하기로 결심한다. 그리고 어린 시절부터 출발해서 원자폭탄을 발명하기까지의 자신의 일생을 회고하는 긴 편지글이 시작된다.

아인슈타인은 남달리 호기심이 많은 소년이었다. 불에 달군 쇠에서 나오는 빛은 어디서 나오는 것인지? 처음부터 쇠 속에 그 빛이 담겨 있었는지 궁금해 한다. 또한 나침반이 항상 북쪽을 가리키는 이유도 알고 싶어 한다. 하지만 어른들은 북극에 엄청난 철이 있기 때문이라고 알쏭달쏭한 대답만 할 뿐이었다.
대학에 들어간 아인슈타인은 당시의 고전적인 수업방식에 많은 불만을 느끼기 시작한다. 물리학 교수들은 이미 발견된 법칙들에 대해 의문을 품지 않았고 권위적인 태도를 보인다. 그때까지도 빛의 수수께끼에 매달려 있었던 아인슈타인은 빛을 옮겨주는 매개체인 에테르의 존재를 의심하기 시작한다. 당시는 물의 파동처럼 우주를 가득 채우고 있는 에테르란 물질이 빛을 옮겨준다고 믿고 있었다. 그는 빛은 스스로 움직이는 입자라고 확신하기에 이른다.
교수들의 눈 밖에 벗어난 아인슈타인은 특허사무소에 겨우 취직을 하고 과외를 하며 생계를 이어간다. 하지만 그의 열정은 더욱 불타오른다.
세 명의 친구들과 만든 아카데미 올림피아란 모임을 통해 아인슈타인은 관성계에만 적용되는 특수상대성 이론을 쉽고도 재미있게 풀어나간다. 그리고 일반상대성 이론을 통해 빛도 휘어짐을 세상에 알린다.
이 일을 계기로 온 세계의 눈이 이 이름없는 특허사무소 직원에게 쏠리게 된다. 그의 이론을 비아냥거리는 목소리도 높았지만 세계적인 물리학자들이 찾아와 그에게 교수직을 청하며 그의 이론을 인정하기에 이른다.

물리학계가 아인슈타인의 이론으로 떠들썩할 무렵, 정치계는 각 민족이 지닌 이념의 충돌로 시끄러웠다. 그리고 결국 전쟁이란 최후의 수단을 사용하기에 이른다.
노벨상을 수상한 많은 과학자들이 조국의 명예를 걸고 전쟁터로 달려간다. 그들은 사람을 이롭게 했던 과학적 성과들을 사람을 죽이는데 응용한다. 아인슈타인은 그런 동료 과학자들의 모습에 회의를 느끼며 세계를 방랑하다가 미국의 프린스턴 대학으로 떠난다.
한편, 아인슈타인의 이론을 바탕으로 원자 안에 들어 있는 에너지로 엄청난 폭발력을 일으키는 연구가 진행되고 있었다. 그리고 깜깜한 밤하늘에 날아가는 새를 맞추는 것만큼이나 어렵다던 원자를 쪼개는 데 성공한다. 이 엄청난 무기를 나치스가 먼저 개발한다면 세계의 평화를 보장할 수 없는 일이었다. 결국 아인슈타인은 주위 동료들의 부탁에 응하여 미국의 대통령인 루즈벨트에게 그 위기 상황을 알린다. 그리고 1941년 최고의 두뇌들로 이루어진 ‘맨해튼 프로젝트’가 탄생하여 비밀리에 연구가 진행되는데…….