아케나텐은 이집트 왕좌에 올랐을 때처럼 황망하게 그 자리를 떠났다. 일반적인 견해로는 투탕카멘이 즉위하기 전 두세 달 동안 별로 잘 알려지지 않은 인물 스멘카레가 아케나텐의 뒤를 이어 이집트를 통치했다고 한다. 스멘카렌의 신원은 알려지지 않았다. 스멘카레가 아케나텐의 아네 네페르티의 또 다른 이름이라는 사람도 있는가 하면, 그랜빌같은 사람은 스멘카레는 투탕카멘의 형이라고 주장하기도 한다.

아마르나 동쪽에 자리 잡은 아케나텐의 완성되지 않은 묘에는 그의 시신이 들어간 적이 없으며 여섯 딸 중 하나인 메케타텐이 묻혀 있다. 정신분석학자 지그문트 프로이드의 선임자 칼 에이브라함 박사는 '유일신' 숭배에 대한 확고한 생각을 가지고 있었다. 그는 아케나텐이 '모세 유일신' 숭배에 대한 확고한 생각을 가지고 있었다. 그는 아케나텐이 '모세 일신교의 선구자'였다는 것을 넌지시 비춘다. 구약은 기원전 1394년 경 유대 신앙의 창시자 모세가 이집트 파라오로부터 왕관을 받았을 때에 큰 상징적 의미를 부여하고 있는데, 이에 대하여 에이브라함 박사가 한때 노예 아이로 생각된 모세가 실제로는 아케나텐이고 아메노피스 3새의 부재 중인 자손이었다고 암시하는 것을 뜻한다.

프로이드는 기원전 1391년 경 아케나텐이 쫓겨나서 시나이 반도를 유랑할 때 아마르나에 대한 그의 통치가 끝났고, 나중에 그는 람세스 1세로부터 권력을 뺴앗기 위해 돌아온 것으로 믿었다. 재집권 기도가 실패로 끝나자 아케나텐은 일단의 히브리 노예들을 설득해서 사막으로 데리고 나가 새로운 종교를 시작했다는 것이다. 에이브라함 박사는 히브리 말로 '나의 주'를 뜻하는 '아도나이'는 이집트 말의 '아텐'과 같고, '모스'는 히브리 말이 아니라 이집트 말의 '아이'라고 설명했다.