고대 이집트에서 신으로 숭배받았던 최초의 돌연변이 아포칼립스(오스카 아이삭)가 1983년 오랜 잠에서 깨어난다. 초능력을 흡수해가며 수천년을 살아온 아포칼립스는 절망에 잠긴 매그니토(마이클 패스벤더)를 비롯하여, 스톰, 사일록, 엔젤에게 보다 강력한 힘을 주어 자신의 수하 ‘포 호스맨’으로 삼은 뒤, 그들과 함께 타락한 현재의 세상을 뒤엎고 강한 자들만의 새로운 세상을 건설하려고 한다. 한편, 어린 돌연변이들을 위한 영재 학교를 설립하고 인간과의 평화로운 공존과 희망에 대해 가르치던 찰스 자비에 교수(제임스 맥어보이)는 아포칼립스의 지구 종말 계획을 간파하게 된다. 이에 자비에 교수와 미스틱(제니퍼 로렌스) 그리고 비스트(니콜라스 홀트)는 진 그레이, 스캇, 퀵실버, 나이트크롤러 등 젊은 돌연변이들을 이끌고 인류의 운명을 건 전쟁에 나서는데…