해리 포터에겐 이번 여름방학이 별로 즐겁질 못했다. 마법이라면 질색을 하는 페투니아 이모(피오나 쇼 분)와 버논 이모부(리차드 그리피스 분)의 구박도 그렇지만, 무엇보다 속상한 건 단짝이었던 론 위즐리(루퍼트 그린트 분)와 헤르미온느 그레인저(엠마 왓슨 분)가 그 사이 자신을 까맣게 잊었는지 자신의 편지에 답장 한 통 없다는 것.
그러던 어느날 꼬마 집요정 도비가 해리의 침실에 나타나 뜻밖의 얘기를 한다. 호그와트 마법학교로 돌아가면 무서운 일을 당할 거라는 것. 도비는 해리를 학교에 못 가게 하려고 자신이 여태까지 론과 헤르미온느의 답장을 가로채 왔음을 고백한다. 그러나 도비와 더즐리 가족의 방해에도 불구, 해리는 론과 그의 형제들이 타고 온 하늘을 나는 자동차를 타고 이모집을 탈출, 따뜻한 가족애가 넘치는 론 위즐리의 집으로 간다.
개학을 앞두고 학교에 가는 날, 론과 해리는 뭔가의 방해로 9와 3/4 승강장에 못 들어가는 바람에 개학식에 지각할 위기에 처한다. 결국 하늘을 나는 자동차 포드 앵글리아를 타고 천신만고끝에 학교에 도착했으나 공교롭게도 차가 학교 선생님들이 소중히 여기는 '커다란 버드나무' 위에 불시착하는 바람에 화가 난 스네이프 교수로부터 퇴학 경고를 받게 된다. 한편 1학년 때 해리가 보여준 영웅적인 활약상은 학교 전체에 소문이 나고, 그 덕에 해리는 원치 않는 관심의 초점이 된다. 론의 여동생 지니, 사진작가 지망생 콜린 크리비 등의 신입생과 어둠의 마법 방어술을 가르치는 신임 교수 질데로이 록허트가 새롭게 해리포터의 팬이 된다.
남의 시선 끌기를 좋아하는 잘난척하는 성격 탓에 주변에서 따돌림 당하는 록허트 교수는 해리와 친해지고 싶어 안달하지만, 그 역시 학교에서 일어나는 무서운 사건에 대해 뾰족한 설명을 못해준다. 모든 이목은 해리에게 집중되고, 결국 급우들은 해리를 의심하기에 이른다. 물론 론과 헤르미온느, 그리고 수수께끼의 일기장에 마음을 뺏긴 론의 동생 지니만은 끝까지 해리를 믿는다.
자신을 믿는 친구들을 실망시킬 수는 없는 법. 해리는 -도움을 준다며 되려 걸리적 대는 록허트 교수가 다소 방해가 되긴 하지만- 어둠의 세력과 맞서 싸울 결심을 하는데..