파일이라는 것은(다른 시스템에서와 마찬가지로) 유닉스에서 저장을 하기 위한 단위이다. 파일에는(리포트나 할 일을 적은 목록 등) 텍스트, 프로그램, 디지털로 만들어진 그림이나 사운드 등 어떤 것도 담을 수 있다. 위에 열거한 그림, 사운드 등은 모두 사용자가 해당 파일을 인식할 수 있는 프로그램으로 해석하지 않으면 단지 데이터의 연속에 불과하다.

유닉스에서 파일은 디렉토리를 구성한다. 사실 디렉토리라는 것은 시스템에서 서로 다른 파일 정보를 저장하는 특별한 종류의 파일이다. 사용자는 디렉토리를 임의의 공간이라고 생각하면 된다. 따라서 디렉토리가 파일을 가지고 있고 디렉토리 안에서 작업을 한다고 말할 수도 있는 것이다(매킨토시나 마이크로소프트 윈도우를 사용한다면 유닉스의 디렉토리는 폴더와 비슷한 것이라고 생각하면 된다).

유닉스를 사용하려면 시스템 관리자가 시스템을 사용하려는 사람에게 유닉스 계정(account)을 만들어 주어야 한다. 계정은 사용자의 신원을 확인하기 위한 것으로 사용자의 신원은 사용자명(username)으로 확인되며 보통 짧은 단어나 약자를 사용한다. 계정은 사무실에서 자리를 분할해 배치해 놓은 것처럼 유닉스 환경에서 사용자가 작업할 수 있는 공간을 만들어 둔 것이라고 생각하면 된다. 유닉스 컴퓨터로만 사이트를 구성한 곳도 많다. 그러므로 사용자명 외에도 계정이 있는 컴퓨터명(hostname, 호스트명)도 알아야한다. 옵션이 있긴 하지만 로컬 네트워크에 있는 모든 컴퓨터에서 사용자의 계정을 공유할 수 있다면 어떠한 컴퓨터에서도 로그인할 수 있다.

일단 자신의 계정으로 로그인했다면 셸(shell)이라는 프로그램을 통해 명령 라인에서 유닉스 명령을 입력하는 것으로 시스템과 명령을 주고받을 수 있게 된다. 시간이 지나 셸에 익숙해지게 되면 많은 명령을 입력할 수 있게 되고 일반적인 문제에 대처하는 방법도 잘 알게 될 것이다. 유닉스 세션을 종료하려면 로그아웃하면 된다.