뉴욕에서 유령 소동이 벌어지고 5년 후, 유령 사냥꾼으로 명성을 떨쳤던 피터(빌 머레이), 뤠이(댄 애크로이드), 이곤(해롤드 래미스)은 각자 다른 일에 종사하고 있다. 피터의 마음속 연인 다나(시고니 위버)는 맨해튼 박물관에서 일하는 한편 어린 아들 오스카를 홀로 키우면서 살아간다. 어느 날, 다나는 오스카의 유모차가 혼자 움직이더니 자동차 사이를 달리는 장면을 목격하고는 이곤에게 도움을 청한다. 이 사건을 계기로 다시 뭉친 유령 사냥꾼들은 다나의 집근처를 조사하던 중 땅속에서 붉은 점액의 강을 발견하고, 그 점액이 인간의 증오와 불신의 감정이 뭉쳐서 형성된 물질임을 알게 된다. 한편, 다나가 근무하는 박물관의 야노쉬 박사는 악명 높은 마법사 비고의 초상화로 인해 악령에 씌인다. 세상을 지배하려는 야욕을 지닌 비고는 자신의 부활에 필요한 아기를 구해오라고 야노쉬에게 명령한다. 비고의 힘을 빌려 다나를 차지려는 야노쉬는 오스카를 납치하는데…