쥬라기 공원이 폐쇄된 지 4년 후, 과거 DNA 추출로 공룡을 부활시켰던 해먼드 박사(리처드 아텐버로우)는 공원이 폐쇄된 후에도 그 섬에서 조금 떨어져 있는 섬의 'B 구역'이라는 공룡 생산공장을 두고 있었다. 그러던 중 휴양을 떠났던 관광객들이 어느날 공룡의 습격으로 사고를 당하면서 이 섬에 관심이 집중된다.

해먼드에 의해 'B 구역'에 공룡생산공장이 있다는 놀라운 소식을 들은 말콤 박사(제프 골드블룸)는 사고 탐사 목적으로 파견된 여자 친구를 찾기 위해 섬으로 떠난다. 이어서 말콤 박사는 이 섬에 새로운 음모가 도사리고 있음을 알게 된다. 즉, 인젠사의 회장이 보낸 공룡사냥꾼들이 공룡사냥을 위해 섬을 휘젓고 있었던 것이다. 말콤 박사 일행은 이들의 계획을 저지하기 위해 잡아놓은 공룡들을 풀어주지만 오히려 성난 공룡들의 습격을 받게 되는데...