우주 어딘가에 있는 섬 아에덴, 그 섬에 있는 신들의 도시 올림피아에 모인 144명의 신 후보생들. 이들은 신이 되기 위한 치열한 경쟁을 펼친다. 좋은 성적을 내지 못한 자, 스승 신의 수업 방식에 찬성하지 않은 자, 살신자에게 살해당한 자…… 여러 이유로 후보생들이 탈락하고 이제 후보생의 수는 절반으로 줄어 있다.
미카엘 팽송은 계속되는 고난으로 뿔뿔이 흩어진 자신의 돌고래족을 살리기 위해 애를 쓰고, 역사는 속도를 높여 흘러가기 시작한다. 국가의 발전 과정에서 패권을 놓고 양보할 수 없는 싸움이 벌어지면서 신들 사이에서도 갈등과 반목이 일어난다. 평화를 옹호하는 미카엘은 호전적인 성향을 드러내는 친구 라울이 점점 멀게만 느껴지고, 수준 높은 문명을 전해 준 자신의 백성에게 감사하기는커녕 되려 그들을 미워하는 다른 후보생들에게 실망감을 느낀다.
그런 가운데도 올림포스 산을 탐사하는 테오노트 일행은 드디어 주황색 지대까지 진입하고, 그곳에서 뱀의 머리칼을 가진 괴물 메두사를 만나게 되는데…… 과연 미카엘은 이 모든 위험과 역경을 헤치고 게임에서 살아남을 수 있을까?
1부 〈우리는 신〉(1, 2권) 줄거리
우주의 어딘가에 있는 신들의 도시 올림피아에 모인 144명의 신 후보생들. 플로베르, 모네, 마타 하리, 프루동, 에펠과 같은 쟁쟁한 후보생들 가운데에는 영계 탐사자로, 세 명의 인간을 돌보던 수호천사로 활약했던 미카엘 팽송도 섞여 있다. 이들은 아테나, 헤파이스토스, 포세이돈, 아레스, 헤르메스 등 그리스 신화에 등장하는 열두 신의 강의를 들으며 신이 되기 위해 경쟁한다. 그중에서도 특히 사랑과 미의 여신 아프로디테를 만난 미카엘은 그녀에게 한눈에 반한다.
한편 올림피아에서의 삶이 천국인 것은 결코 아니다. 올림피아 성벽 밖은 괴물과 악마가 돌아다니며, 정체 모를 자의 습격을 받은 후보생들이 하나씩 죽어 나간다. 후보생들이 저마다 개성을 가진 인간 종족을 만들어 그들의 문명을 발전시키는 Y 게임은 점점 흥미롭게 펼쳐지고, 미카엘과 그의 동료들은 낮에는 수업을 듣고 밤에는 성 밖 탐사를 계속해 나간다.