아주 가까운 미래, 조직배양 기술로 생산한 배양육이 본격적으로 판매되기 시작한다. 에덴스피어는 바이에덴사에서 건설한 거대한 건축물로 자사에서 생산한 배양육의 안전성을 증명하고 홍보하기 위한 생태실험장이다.

이채신은 일 년간 이 밀폐된 공간에서 생활하며 배양된 식품만 섭취하는 실험을 끝내고 나온다. 그러나 몸 상태가 이상하다. 발작하듯 예민해진 후각이 세상 모든 냄새를 구별할 수 있을 정도다. 그녀는 예민해진 후각으로 어떤 냄새를 애타게 찾아 헤맨다. 그러나 찾아야 할 냄새가 무엇인지는 자신도 모른다.

동시다발적으로 루푸스가 발병한다. 배양육이 판매되는 세계 여러 나라에서도 발생한다. 정확한 병명은 알 수 없다. 증상이 자가면역 질환인 루푸스와 비슷하여 그렇게 추정할 뿐이다. 치사율 0.1%임에도 국민 대부분이 발병한 관계로 많은 사람이 사망한다. 사회는 극도의 혼란에 빠지고, 종말론과 진화론이 대두된다. 특히 곽경식 교수는 이 질병이 인간의 유전자 중에서 순수 인간유전자와 불순하게 섞인 유전자와의 싸움이며, 이 고통은 순수한 인간, 위버멘쉬로 탈바꿈하기 위한 과정이라 주장한다.

사실, 이 질병은 배양육에 이식된 ‘모스’의 형질변형 때문에 발생했다. 모스는 기생충과 여러 미생물을 합성시켜 만든 합성미생물을 일컫는다. 기생충은 환경에 따라 숙주를 변화시킬 수 있었고, 이 능력은 실패를 거듭하던 조직배양 기술에 획기적인 역할을 했다. 용도에 따라 다양한 종류의 모스가 합성되었고, 그중 일부 모스가 대규모 질병을 일으킨 것이다. 바이에덴사는 이 사실을 알고도 숨긴다. 다른 종류의 모스에 감염된 강우재를 포함한 몇몇은 오히려 루푸스에 면역을 가지게 되고, 이런 이유로 곤욕을 치른다.

루푸스가 갑작스레 진정된다. 일부는 원상태로 회복됐지만, 많은 사람에게 후유증이 남는다. 신체의 털이 모두 빠지고, 관절은 부풀어 올라, 마치 영화에 등장하는 외계인과 비슷한 외모가 된다. 사람들은 곽경식 교수의 위버멘쉬 이론에 열광한다. 생소하지만 모두가 같은 모습으로 변화되었고, 그들은 서슴지 않고 진화라고 불렀다. 달라진 외모를 평생 받아들이기 위해서는 무조건 진화라고 믿어야 했다.

이채신의 오빠, 창희는 위버멘쉬 이론을 추종하는 자들을 모아서 대규모 단체를 조직한다. 한편, 모스연구소 양승호 소장은 우연히 합성된 신종 모스를 이용하여 여자를 농락한다. 이 모스는 감염된 숙주의 후각기능을 자극해 암컷을 찾게 만든다. 모스의 원초적 본능을 이용한 악행이었지만, 피해자는 본인 욕망에 휘둘려 행동한 일이라 자책한다.

사람들은 이제 스스로를 위버멘쉬라 믿는다. 그럴수록 머리카락이 멀쩡한 인간들과의 갈등은 깊어진다. 창희도 친구인 우재를 열등한 인간이라 부르며 경멸한다. 그런 이유로 채신과 우재의 결혼도 반대한다. 우재는 도대체 순수한 인간이 무엇인지 끊임없이 자문한다. 우재는 사랑하는 채신에게 양승호 소장이 나쁜 시도를 했다는 사실을 알고 분노한다. 또 다른 피해자 고현지의 약혼자 신태형과 공모하여 그를 살해하기로 마음먹는다. 그러나 계획은 실패한다. 그런데 다음날, 고현지가 양소장을 살해하고 자신도 자살하는 사건이 발생하고…….