1954년 인천에서 태어났다. 고등학교 3학년 재학 중에 주님을 만난 후 그의 삶의 목표는 주님의 뜻을 따라 사는 것이 되었다. 고려대학교, 서울대 대학원, 인하대 대학원에서 경영학을 공부한 손 선교사는 대학원 재학 당시부터 인도네시아 선교사가 되기 위해서 기도했다.
1981년부터 국립세무대학에서 회계학을 가르치며 학원 복음화를 위해서 애쓰던 어느 날 인도네시아 정부가 선교사 비자를 주지는 않지만 대학에서 가르치는 교수 비자는 어렵지 않게 내주는 것을 알게 되었다. 1989년 해외선교훈련원(GMTC)에서 일 년 동안 선교 훈련을 받고 1990년 인도네시아로 파송되었다.
손창남 선교사는 인도네시아의 족자카르타에서 회계학을 가르치며 전문인 선교사의 사역을 감당하였다. 인도네시아 죠이를 개척하여 대학생들에게 복음을 전하고 제자 훈련에 힘썼다. 현지 리더들을 세워 인도네시아 죠이가 현지인 중심으로 사역할 수 있도록 도왔다.
2001년 한국으로 돌아와 7년 동안 한국 OMF 대표로 섬겼다. 현재는 동원 사역을 감당하고 있으며 동시에 반추하는 실천가(re?ective practitioner)로서 강의와 저술 활동을 하고 있으며 저서로는 인도네시아에서의 사역을 정리한 《족자비안 나이트》와 전문인 사역과 텐트메이커 등의 혼란스러운 정의를 정리한 《직업과 선교》가 있다.

단국대 시각디자인학과를 졸업하고, 뉴질랜드에서 YWAM DTS(예수제자훈련학교) 간사로 섬기고 있다. 방황하던 시절 예수전도단의 훈련과 사역을 통해 예수님을 만나 인생의 전환점을 경험했으며, ‘하나님 아버지의 마음’과 ‘불확실하고 불투명한 삶을 개척해 나가는 청춘들을 향한 소망과 격려’를 그림으로 표현하는 일러스트레이터로 활동하고 있다. 저서로는 《하나님께 돌아오는 연습》, 《하나님의 때를 선택하는 연습》, 《하나님과 날아오르는 연습》(이상 스텝스톤, 공저), 《내 마음이 멈춘 그림 묵상》, 《러브 캔버스》, 《빛과 먹선 이야기》, 《혼자는 아닐 거야》(이상 GTM) 등이 있고, 《족자비안 나이트》, 《고고리의 위대한 여행》(이상 죠이선교회)에 그림을 그렸다.