1부 〈우리는 신〉(1, 2권) 줄거리
우주의 어딘가에 있는 신들의 도시 올림피아에 모인 144명의 신 후보생들. 플로베르, 모네, 마타 하리, 프루동, 에펠과 같은 쟁쟁한 후보생들 가운데에는 영계 탐사자로, 세 명의 인간을 돌보던 수호천사로 활약했던 미카엘 팽송도 섞여 있다. 이들은 아테나, 헤파이스토스, 포세이돈, 아레스, 헤르메스 등 그리스 신화에 등장하는 열두 신의 강의를 들으며 신이 되기 위해 경쟁한다. 그중에서도 특히 사랑과 미의 여신 아프로디테를 만난 미카엘은 그녀에게 한눈에 반한다.
한편 올림피아에서의 삶이 천국인 것은 결코 아니다. 올림피아 성벽 밖은 괴물과 악마가 돌아다니며, 정체 모를 자의 습격을 받은 후보생들이 하나씩 죽어 나간다. 후보생들이 저마다 개성을 가진 인간 종족을 만들어 그들의 문명을 발전시키는 Y 게임은 점점 흥미롭게 펼쳐지고, 미카엘과 그의 동료들은 낮에는 수업을 듣고 밤에는 성 밖 탐사를 계속해 나간다.
2부 〈신들의 숨결〉(3, 4권) 줄거리
신들의 도시 올림피아에 모였던 144명의 후보생은 이제 절반으로 줄어 있다. 미카엘은 계속되는 고난으로 뿔뿔이 흩어진 돌고래족을 살리기 위해 애를 쓰고, 국가의 발전 과정에서 패권을 놓고 양보할 수 없는 싸움이 벌어지면서 신들 사이에는 갈등과 반목이 일어난다.
그러던 중 미카엘은 집에서 『백과사전』을 훔쳐 가려는 자와 마주친다. 가면을 쓴 침입자를 쫓아 숨 가쁜 추격전을 펼친 끝에 그의 어깨에 앙크로 부상을 입힌다. 범인으로 지목된 이는 바로 많은 후보생들의 미움을 받고 있는 조제프 프루동. 재판 결과 프루동은 18호 지구에서 불사의 인간으로 살아가라는 끔찍한 형벌을 받게 된다.
한편 미카엘은 다시 한 번 아틀라스의 집에 몰래 숨어들어 자신의 종족을 구원해 줄 '신의 가르침을 받은 자'를 만든다. 그러나 라울의 종족은 그를 죽이고 그 사상마저 가로채어 간다. 격분한 미카엘은 라울과 한바탕 주먹다짐을 벌이고, 아틀라스의 집에 숨어든 죄로 이제는 그 자신이 쫓기는 처지가 되어 올림포스 산으로 도망쳐 간다.
3부 〈신들의 신비〉(5, 6권) 줄거리
제우스를 만나고 돌아온 미카엘은 마침내 Y 게임의 결승전에 참가하게 된다. 마지막까지 남은 신 후보생은 12명. 그러나 결승전 직전 모습을 드러낸 살신자에게 마타 하리마저 공격받고, 숨가쁜 추격전을 벌인 끝에 마침내 미카엘은 살신자의 정체를 밝혀 낸다. 이어서 벌어진 최후의 결전에서 미카엘은 패배하지만 결과에 승복하지 못하고 재경기를 요구한다. 그러나 그의 요청대로 게임을 몇 번이고 되풀이해도 결과는 마찬가지. 격분한 미카엘은 자신의 돌고래 백성들을 괴롭힌 후보생을 살해하고, 재판 끝에 무시무시한 형벌을 받게 된다.