Episode 5 : 레이, 마음의 저편에
에바 영호기 전속 파일럿인 붕대소녀 아야나미 레이는 신지가 제 3 신도쿄시를 방문하기 3주 전, 기동실험 중 사고를 당해 부상을 입었다. 신지는 학교에서도 사람을 피하는듯 한 그녀가 어렵기만한 자신의 아버지 겐도와 친근하게 얘기하는 것을 보고 그녀에게 흥미를 느낀다. 그때, 제 5 사도의 공격으로 신지가 탄 초호기가 당한다.

Episode 6 : 결전, 제 3 신도쿄시
신지의 초호기는 가립자포 공격을 받았으나, 다행히도 신지는 무사하다. 한편 사도는 지오프론트 안으로 공격을 시작한다. 자동방어장치와 비슷한 시스템을 가지고 있는 사도에 대해, 미사토는 초장거리사격을 제안한다. 이름하여 야시마 작전, 바로 포지트론 라이플을 개조한 양전자포로의 공격이다. 저격수는 다름아닌 신지. 레이는 신지를 엄호하는 임무를 맡아, 스스로를 방패로 신지의 작전을 성공시켜야 한다.

Episode 7 : 인류의 창조물
민간기업이 제작한 무인사도 요격용 로보트 JA의 완성 기념회에 미사토와 리츠코가 네르프 대표로서 초대된다. 그리고 파티 후에 JA의 시운전이 행해지는데, 돌연 JA가 제어불능상태가 된다. 미사토는 JA의 노심융해 위기를 피하기 위해 단신으로 JA 내부로 들어가기로 한다. 미사토는 초호기를 이용한 작전으로 위기 일발의 순간 JA의 폭주를 멈추게 하지만 이 사건을 꾸민 것은 다름아닌 네르프였다.

Episode 8 : 아스카 등장
네르프의 독일 제 3 지부에서 에바 이호기가 국제연합군의 항공모함으로 운반되어 온다. 이호기를 수령하기로 되어있는 미사토와 신지 일행은 세컨드 칠드런인 아스카를 만난다. 그리고 항공모함에는 카지도 타고 있었다. 이때 해상에 제 6 사도가 출현. 아스카는 신지를 플러그에 같이 태운 채 이호기로 출격한다. 바다를 무대로 싸움이 벌어지지만, 미사토의 사격작전으로 무사히 사도를 물리칠 수 있었다.