[Disc. 9]
- 제28막 『새로운 싸움의 전주곡! 서서히 다가오는 늑대의 그림자!』
- 제29막 『사상 최강의 숙적 등장!』
- 제30막 『복수의 화신?시시오의 음모!』
- 제31막 『서글픈 이별!』

[Disc. 10]
- 제32막 『눈물을 용기로! 카오루의 선택!』
- 제33막 『아오시의 새로운 싸움!』
- 제34막 『의문의 소녀! 미사오의 정체!』

[Disc.11]
- 제35막 『빼앗긴 마을!』
- 제36막 『켄신과 시시오의 대면!』
- 제37막 『부러진 역날검! 천검의 소지로 대 켄신』
- 제38막 『사노스케 필살의 수련! 파계승 안지에게 도전하라!』

[Disc. 12]
- 제39막 『역날검을 만든 사나이?샤쿠의 마지막 작품!』
- 제40막 『비정한 자객?십본도 쵸우와의 사투!』
- 제41막 『비천어검류의 비기! 스승 히코 세이쥬로와의 재회!』
- 제42막 『동맹 성립! 아오시와 시시오가 결탁한 날!』

[Disc. 13]
- 제43막 『삶과 죽음의 갈림길에서!』
- 제44막 『최강집단 십본도 집결하다!』
- 제45막 『전함 연옥의 출항을 저지하라!』
- 제46막 『불타는 연옥!』

[각 화별 에피소드]

- Disc. 9

제28막 『새로운 싸움의 전주곡! 서서히 다가오는 늑대의 그림자!』
어느 봄날 밤, 켄신은 막부 말기 교토에서 활동하던 시절의 꿈을 꾼다. 숙적이었던 신선조와 대결하는 꿈이었다. 이튿날 켄신과 카오루가 식사를 하러 간 사이, 사노스케 혼자만 있던 도장에 ‘후지타 고로‘라는 약장수가 찾아온다. 평범한 약장수가 아님을 알아챈 사노스케는 싸움을 걸지만, 한 방에 쓰러지고 만다. 그자는 약장수로 변장한 예전의 신선조 3번대 조장, 사이토 하지메였던 것이다.

제29막 『사상 최강의 숙적 등장!』
켄신은 사노스케를 쓰러뜨린 사람이 사이토 하지메임을 금방 알아챈다. 그리고 사이토에게서 결투장을 받고는 그 장소로 향한다. 그러나 거기서 켄신을 기다리던 사람은 사이토가 아니라 아카마츠라는 또 다른 자객이었다. 아카마츠를 쓰러뜨리고 카미야 도장에 돌아온 켄신은, 경관 복장을 하고 있기에 아무런 의심을 받지 않고 도장에서 자신을 기다리던 사이토 하지메를 만난다. 그리고 두 사람의 격렬한 싸움이 시작되는데…….

제30막 『복수의 화신?시시오의 음모!』
사투를 벌이는 켄신과 사이토. 켄신은 사이토와 싸우면서 칼잡이 발도재 시절의 감각을 되찾아간다. 싸움의 결판이 날 무렵에 경시총감인 가와지 도시요시(川路利良)와 내무경 오오쿠보 도시미치가 나타나 싸움을 말린다. 그리고 사이토 하지메가 켄신을 찾아온 내막 - 오오쿠보 도시미치의 명을 받고 켄신의 실력을 확인하기 위해 찾아왔던 것이라는 - 을 이야기한다. 켄신의 실력이 여전함을 확인한 오오쿠보 도시미치는 켄신에게 메이지 정부를 위협하는 존재인 시시오 마코토를 제거해달라는 부탁을 한다.

제31막 『서글픈 이별!』
오오쿠보에게 시시오 암살을 부탁 받은 켄신은 결정을 내리지 못하고 있었다. 그러나 대답을 하기로 한 5월 14일, 오오쿠보가 암살을 당한다. 시시오의 명을 받은 세타 소지로가 한 짓이었다. 대답을 하러 갔다가 이 사건을 접하게 된 켄신은 시시오를 쓰러뜨리기 위해 홀로 교토로 가기로 마음먹는다. 켄신은 카오루에게 이별을 고하고는, 오열하는 카오루를 남겨둔 채 어둠 속으로 사라지고 만다.

- Disc. 10

제32막 『눈물을 용기로! 카오루의 선택!』
켄신을 쫓아 교토로 가려 하는 사노스케 앞을 막아서는 사이토. 사노스케는 사이토와 다시 대결을 펼치지만 압도적인 실력의 차이를 느낀다. 사이토에게 켄신의 방해만 될 것이라는 굴욕적인 얘기까지 들은 사노스케, 하지만 교토에 도착하기 전까지 강해지면 된다면서 굴하지 않고 교토로 향한다. 켄신과 이별한 후 슬픔에서 헤어 나오지 못하던 카오루는 야히코와 메구미의 격려를 받고 켄신을 찾아 떠날 결심을 한다.

제33막 『아오시의 새로운 싸움!』
카오루와 야히코를 배웅하고 돌아온 메구미는 카미야 도장에서 시노모리 아오시와 마주친다. 그는 켄신을 쓰러뜨리기 위해 다시금 찾아온 것이다. 때마침 도장에 나타난 사이토가 켄신은 시시오를 쓰러뜨리기 위해 교토로 떠났다고 아오시에게 가르쳐준다. 시시오를 쓰러뜨리는데 끌어들이기 위해서였다. 그런 아오시를 지켜보고 있는 인물이 또 있었다. 세타 소지로이다. 소지로는 어정번중의 묘지에 들른 아오시에게 아부쿠마 사인방을 보낸다. 아오시의 실력도 확인하고 시시오 일당에 들어오라고 권유하기 위해서였다. 그러나 아오시는 묘지를 더럽힌 네 사람을 단칼에 베어버린다.

제34막 『의문의 소녀! 미사오의 정체!』
노숙을 하던 켄신은 도적의 돈을 빼앗던 미사오라는 소녀를 만난다. 마사오가 도적에게 뺏은 돈을 원래 주인에게 돌려주는 등, 미사오와 행동을 함께하던 켄신은 미사오가 어정번중의 일원이며 아오시를 찾고 있다는 사실을 알게 된다. 미사오 또한 켄신이 아오시에 대해 알고 있음을 눈치 채고 켄신을 따라다닌다. 켄신은 미사오에게 아오시를 잊는 편이 낫다고 설득하려 하지만 아오시를 향한 애정의 깊이를 알게 되고는 그런 마음을 접고, 교토까지 함께 여행하게 된다.

- Disc. 11

제35막 『빼앗긴 마을!』
켄신과 미사오는 산 속에서 죽어가던 미시마 에이이치로에게 동생인 에이지의 신변 보호를 부탁 받는다. 형제가 시시오 일당에게 마을을 빼앗기고 도망치던 중이라는 사실을 알게 된 켄신. 켄신은 마을에 남아 있는 에이지의 부모님을 구하기 위해 신월촌으로 향하지만, 마을에는 처참하게 살해당한 두 사람의 시신이 걸려있었다. 화가 난 켄신은 때마침 신월촌에 도착한 사이토와 함께 시시오가 있는 곳으로 향한다.

제36막 『켄신과 시시오의 대면!』
드디어 시시오와 대면을 하게 된 켄신. 시시오는 일본에 동란을 일으킨 뒤 패권을 장악하겠다고 선언하고, 켄신은 시시오 한 사람의 정의 때문에 많은 사람이 죽어나가는 것을 두고 볼 수 없다며 칼을 뽑는다. 그 때 센카쿠가 나타나 켄신을 공격하지만, 용상섬을 맞고 쓰러진다. 에이지와의 약속을 지킨 켄신은 시시오에게 대결을 요청하는데…….

제37막 『부러진 역날검! 천검의 소지로 대 켄신』
결투를 신청하는 켄신에게 칼잡이로 돌아온 다음에 도전하라는 말을 남긴 후, 소지로에게 뒤를 맡기고 사라지는 시시오. 켄신은 어떻게 공격해올지 예측할 수 없는 소지로를 발도술로 상대한다. 소지로도 발도술로 켄신을 상대하는데, 그 결과는 서로의 칼이 못 쓰게 되면서 무승부로 끝났다. 비록 역날검이 부러지기는 했으나 신월촌에서 시시오 일당의 세력을 몰아낸 켄신은, 에이지를 사이토에게 맡기고는 갈 길을 서두른다.

제38막 『사노스케 필살의 수련! 파계승 안지에게 도전하라!』
산 속에서 길을 잃은 사노스케는 파계승 안지를 만난다. 안지의 이중극점을 본 사노스케는 어떻게 해서든 강해지고 싶다며 비법을 전수해달라고 청한다. 그런 사노스케에게 안지는 정해진 기간 동안 기술을 습득하지 못하면 죽이겠다는 전제를 두고 비법을 전수한다. 약속한 전날까지 기술을 습득하지 못한 채 기진맥진해 있는 사노스케 앞에 죽은 사가라 소조가 나타난다. 사가라 대장을 만난 뒤 결심을 새로이 한 사노스케는, 그 다음날 안지에게 이중극점 기술을 선보인다.

- Disc.12

제39막 『역날검을 만든 사나이?샤쿠의 마지막 작품!』
교토에 도착한 켄신은 자신에게 역날검을 건네주었던 아라이 샤쿠를 찾는다. 부러진 역날검을 대신할 칼을 찾기 위해서이다. 교토 어정번중의 도움을 받아 아라이 샤쿠의 아들인 세이쿠를 찾아가지만, 아라이 세이쿠는 살생의 도구인 칼은 만들지 않겠다고 한다. 그 과정에서 아라이 샤쿠의 마지막 칼이 있다는 것을 엿듣게 된 십본도의 ‘칼 사냥꾼‘ 쵸우는 세이쿠를 찾아가는데…….

제40막 『비정한 자객?십본도 쵸우와의 사투!』
쵸우는 세이쿠의 아들 이오리를 인질로 삼고는 기상천외한 살인검으로 켄신을 공격한다. 이오리를 보호하며 싸워야 하기에 고전을 면치 못하는 켄신. 그런 켄신의 모습을 보고 오해를 푼 세이쿠는 신사에 헌납했던 칼을 켄신에게 준다. 켄신은 이오리를 구하기 위해 살인을 하지 않겠다는 맹세를 저버린 채 쵸우에게 마지막 일격을 가하는데……. 그러나 켄신의 손에 들린 칼은 역날검 진타였다. 다행히 칼잡이로 돌아가지 않고 쵸우를 물리친 것이다.

제41막 『비천어검류의 비기! 스승 히코 세이쥬로와의 재회!』
켄신을 좇아 교토에 온 카오루와 야히코는, 우연히 만난 미사오의 안내를 받아 켄신의 스승인 히코 세이쥬로가 은둔해 있는 산을 찾아간다. 카오루를 본 켄신은 카오루의 안위를 걱정하지만 한편으로는 안도하고 있는 자기 자신을 발견하게 된다. 카오루와 야히코에게 켄신이 어떻게 살아왔는지에 대한 얘기를 들은 히코 세이쥬로는 켄신에게 비기를 전수하기로 마음먹는다. 이윽고 비천어검류의 비기를 전수받기 위한 훈련이 시작되는데…….

제42막 『동맹 성립! 아오시와 시시오가 결탁한 날!』
시시오의 초청을 받은 아오시는 켄신의 정보를 얻기 위해 시시오에게 가담하기로 한다. 노인장은 어정번중으로서의 긍지는 사라지고 ‘최강‘이라는 이름에 집착해 타락해 가는 아오시를 직접 없애기로 마음먹는다. 그런 사실을 알게 된 미사오는 두 사람을 막기 위해 달려가지만 이미 결판은 난 뒤였다. 만신창이가 된 노인장을 본 미사오는 이제부터는 자신이 두목이라면서 타도 시시오를 부르짖는다.

- Disc. 13

제43막 『삶과 죽음의 갈림길에서!』
비천어검류의 비기를 전수받기 위한 훈련을 하고 있던 켄신. 히코 세이쥬로는 켄신에게 ‘부족한 것‘이 있으며, 그게 무엇인지 깨닫지 못하는 한 자신의 구두룡섬을 맞고 죽을 것이라 했다. 밤새 생각해도 깨닫지 못한 켄신은 죽음을 각오하고 스승과 맞선다. 극한 상태에게 ‘살고자 하는 의지‘가 생긴 켄신은 엄청난 속도의 발도술로 히코 세이쥬로를 상대하는데, 바로 이것이 비천어검류의 비기 ‘천상용섬‘이었다.

제44막 『최강집단 십본도 집결하다!』
사노스케는 사이토와 합류하기 위해 일부러 경찰서에 잡혀 들어간다. 그리고 생각대로 사이토를 만나고, 그 감옥에서 켄신에게 져서 수감되어 있던 쵸우에게 교토 방화 계획에 대해 듣는다. 사이토와 사노스케는 각자가 믿는 정의에 따라, 이 계획을 저지시키겠다고 마음먹는다. 한편, 시시오 곁에는 전국 각지에 흩어져 있던 십본도가 속속들이 모여들고, 켄신 역시 사이토, 사노스케와 합류하여 서로 싸울 태세를 갖춰 간다.

제45막 『전함 연옥의 출항을 저지하라!』
켄신과 사이토는 교토방화계획이 양동작전임을 눈치 챈다. 시시오가 해상에서 도쿄를 공격할 생각임을 읽어낸 켄신은 사이토, 사노스케와 함께 오사카로 향하고, 대형 철갑선 ‘연옥‘을 발견한다. 그 무렵 켄신의 연락을 받은 미사오는 교토 어정번중을 이끌고 교토 주민들을 통솔해 무사히 교토 방화 계획을 막아낸다.

제46막 『불타는 연옥!』
켄신과 사이토가 시선을 분산시키는 사이, 사노스케가 준비해둔 작열탄으로 연옥을 폭파시킨다. 분노한 시시오 마코토는 켄신에게 자신의 아지트에서 결판을 내자고 하고 연옥을 탈출한다. 그날 밤 아오이정에 돌아온 켄신은 소중한 사람들을 지키기 위한 싸움을 앞두고 조용히 투지를 불태운다.