[제 1 화: 갓차맨 對 터틀 킹]
거대한 메카 철갑짐승 터틀 킹이 출현하여 우라늄 보관소를 공격하면서 전세계는 동요하기 시작한다. 그러나 국제과학기술청의 남부 박사는 이것을 갈렉터의 기계조작이라고 판단한다. 그리하여 이 날을 위하여 비밀리에 결성된 과학 닌자대 갓차맨이 출동하게 되는데...

[제 2 화: 악마의 화신 항공모함 출현]
무공해 에너지 개발을 지향하는 ISO. 갈렉터는 이 자료를 빼앗아 해저에 대기지를 만들기 시작한다. 이러한 갈렉터의 소행을 보고 받은 과학 닌자대 갓차맨은 갈렉터의 해저 항공모함에 몰래 잠입하는데...

[제 3 화: 폭풍을 부르는 미이라 거인]
계속되는 비행기 폭파 사건이 일어나고 실종된 아버지를 기다리는 한 소년이 있다. 소년의 아버지가 개발한 중화제를 빼앗기 위해 거대한 미이라 거인을 이용하는 갈렉터, 그 비밀을 알고 있는 소년에게 악마의 손길이 뻗치고...

[제 4 화: 철갑짐승 메카데곤에게 복수]
철갑 메카데곤이 일으킨 지진으로 지진연구소 소장이 죽었다. 과학 닌자대 갓차맨은 남부 박사의 제지를 뿌리치고, 소장의 딸과 함께 철갑짐승에게 복수하고...

[제 5 화: 지옥의 유령함대]
ISO의 해저기지를 지키기 위하여 유령함대를 폭파시키기 위해 버드미사일로 공격하는 과학 닌자대 갓차맨, 그러나 무수한 적 앞에서 미사일은 바닥이 나고 위기에 빠진 닌자대는 정체 불명의 비행물체의 도움으로 적을 물리치는데...

[제 6 화: 미니 로봇 대작전]
세계 은행으로 부터 대량의 금괴를 빼앗은 갈렉터를 뒤 좇아 수수께끼의 무인도로 날아가는 과학 닌자대 갓차맨. 용케도 기지에 잠입한 과학 닌자대를 기다리고 잇는 것은 미니 로봇 군대인데...

[제 7 화: 갈레턱의 대항공 쇼]
ISO개발의 신형비행기. 그 테스트 비행을갓첸베르히의 복엽기가 습격한다. 적기의 금속 파편으로부터 ISO도 연구단계의 금속이라고 판명, 과학 닌자대갓차맨은 제조공장의 파괴공작에 나서는데...

[제 8 화: 초승달 산호조의 비밀]
갈렉터는 이동요새 이소긴치크를 사용하고 ISO의 비밀기지 건설 방해를 목표로 한다. 지페이지는 공적을 세우려 단독 행동에 나가는데 이동요소에 미행을 당해 비미기지가 발각되고...

[제 9 화: 달에서 온 악마]
달에서 많은 운석이 지구를 향하여 솓아진다. 달기지와 인공위성의 기능도 정지하고... 이에 과학 닌자대 갓차맨은 달로 조사를 떠나는데, 지구를 향해 낙하하는 거대한 물체가...

[제 10 화: 지구 지하괴수 대전쟁]
원자력 발전소가 개미 대군의 습격을 받아 거리는 정전된다. 과학 닌자대 갓차맨은 개미의 귀소본능을 이용하여 적기지로 잠입을 시도하는데...

제 11 화 - 수수께끼의 레드 임펄스
최고성능을 자랑하는 '블루호크'호 수비를 명 받은 과학 닌자대. 하지만 블루호크호의 선원들은 이륙하기 전에 모두 살해당하고 갈렉터의 수하들이 그 자리를 차지한다. 남부 박사는 과학 닌자대를 보호하기 위해 레드 임펄스에게 지원을 요청하지만 이를 모른 켄은 레드 임펄스가 적이라고 생각해 홀로 뒤쫓아간다. 켄은 시한 폭탄의 신호음을 따라가는 레드 임펄스를 뒤쫓아가서 적에 잡혀간 나머지 대원들을 구출하는데...

제 12 화 - 대식괴수 이부쿠론
갈렉터는 철갑짐승 이부쿠론을 사용해 각 국의 사탕수수와 사탕무우를 약탈한다. 전세계의 사탕무우 부족이 심각해지자 과학 닌자대는 적의 비밀기지를 알아내기 위해 이부쿠론의 내부로 잠입하지만 괴물내부에 자리잡은 거대한 설탕공장의 제조공정속으로 빨려들어가게 된다. 쥰과 진페이가 에너지실에서 동력원을 차단해 겨우 공장에서 벗어난 켄과 동료들은 공장에서 빠져나와 쥰과 진페이를 구출하는데...

제 13 화 - 수수께끼의 빨간 모래
ISO가 황폐한 사막을 풍요롭게 하기 위한 일환으로 제작한 인공호수가 사라졌다. 과학 닌자대는 원인규명을 위해 아프리카로 향하고 부족의 장로로부터 '빨간 모래'에 대한 이야기를 듣게 된다. 박사는 빨간 모래를 구성하고 있는 것이 새로운 종류의 박테리아로
우라늄보다 훨씬 강력하며, 물이 가해지면 폭발을 유발하게 된다는 사실을 밝혀내는데...

제 14화 - 공포의 아이스 캔더
철갑짐승 아이스 캔더가 원자력선을 차례차례 습격한다. 과학 닌자대는 사건을 조사하는 중, 적도부근에 있는 유빙이 조류에 역류하여 북상하고 있는 점에 의문을 갖고 북극으로 향한다. 닌자대는 빙하의 중앙에서 기지를 발견하고 그곳에서 배의 선원이나 승객을 갈렉터로 변화시키는 장치를 보게 된다. 이러한 전략으로 갈렉터는 핵에너지와 함께 새로운 부하도 얻으려는 계획인데...

제 15 화 - 공포의 쿠라게 렌즈
10년 전 공해로 사멸한 거리의 해저에 총재X는 신종 눈알모양의 생명체를 탄생시켰다. 쿠라게 렌즈라 불리는 생명체는 파괴광선을 발사하고 과학 닌자대를 궁지에 몰아넣는다. 갓 피닉스는 도시 근처의 바다에 들어가 쿠라게 렌즈가 숨어있는 기지를 찾아내는데...

제 16 화 - 무적 머신 메카니카
갈렉터가 ISO의 최신예 무기 공장을 갈취해 가공의 자기 개조 머신 메카니카를 만들어낸다. 마이크로필름을 사용해 시시각각 모습을 바꾸는 메카니카에게 닌자대는 고전을 면치 못하고 메카니카를 놓친 지점을 조사하던 중 진페이는 기지를 발견하고 마이크로 카세트를 들고 도망치는데...

제 17 화 - 곤충대작전
희귀종 투구벌레를 잡은 진페이와 세 명의 어린이가 행방불명되고 철갑짐승 가부토론이 발전소를 습격하는 사건이 발생한다. 비행 중이던 켄은 가부토론을 발견하지만 진페이가 사라져 갓 피닉스를 출동시킬 수가 없다. 켄은 혼자 출동해 가부토론을 공격하지만 놈의 몸 속에서 아이들을 보고는 즉시 공격을 중지하는데...

제 18 화 - 복수! 고래작전
거대 고래가 항구와 배를 공격하였다는 소식을 받고 과학 닌자대는 조사에 착수한다. 거대한 고래잠수함을 뒤쫓던 과학 닌자대는 바다괴물로부터 공격받는 어린 고래를 구하려다 잠수함을 놓치고 만다. 남부 박사는 그들을 탓하며 작은 고래에다 유인단자를 달아 거대 고래를 찾으려하고 작은 고래를 따라 북극으로 간 갓 피닉스는 기지와 잠수함에 폭발물을 설치하지만...

제 19 화 - 지옥의 스피드 레이스
하룻밤에 수 십억 엔이라는 거액이 움직인다는 도박의 나라, 루만 왕국. 갈렉터의 음모로 중과세 고통을 받는 시민들을 보다못한 왕자 루사는 ISO에 연락하여 레이스를 주체하지만...

제 20 화 - 과학 닌자대 위기일발
모구라탱크의 미사일 공격에서 강아지를 보호하던 죠는 뇌에 폭탄의 파편이 들어가는 중상을 입게 된다. 수술로 적출하는 게 불가능해 모두들 절망하고 있을 때 갈렉터의 로봇이 나타났다는 소식이 들리고...

제 21 화 - 총재X는 누구인가
사이보그계의 권위자인 헨진만 박사가 납치되었다. 과학 닌자대 갓차맨은 바닥에 떨어져 있는 갈렉터의 뱃지를 발견하여 적기를 알아내고, 기지에 도착한 과학 닌자대 갓차맨은 박사가 총재X의 얼굴을 드러내려는 것을 보는데...

제 22 화 - 불새 VS 불을 먹는 용
ISO가 총력을 기울여 건설한 해저 우라늄 공장이 '킹드래곤'이라고 불리는 불을 먹는 용에게 습격을 당한다. 과학 닌자대 갓차맨은 남부 박사의 제지에도 불구하고 출동하지만 갓 피닉스는 해저 깊숙이 침몰하고 마는데...