감처럼 생긴 게 아주 작아서 콩감이라고 부르는, 콩감나무 추억과 그리움을 품은 콩감나무에서 펼쳐지는 특별한 기적! 올해 초등학교 4학년이 되는 지호는 바쁜 부모님 대신 시골에 계신 할아버지 할머니와 지내게 되었다. 엄마 아빠와 떨어져 지낸다는 게 싫지만 결국 받아들였다. 시골 할아버지 집은 낯선 곳이 아니었고, 걸음마 시절부터 오갔기 때문이다. 시골로 오면서 지호가 옷이나 책가방 말고 특별히 가지고 온 게 두 가지 있다. 자전거와 작은 곰돌이 인형이다. 자전거는 교통수단으로 쓰기 위해 가져온 것이고, 곰돌이 인형은 친구로 가져왔다.
꽃샘추위가 물러가고 봄이 좀 더 가까이 다가온 어느 날, 지호는 할아버지와 학교에 오가는 산길을 걷다가 언덕 너머 우뚝 서 있는 커다란 나무 한 그루를 발견한다. 원래 이름은 고욤나무로, 고욤 열매가 열리는 나무인데 감처럼 생긴 게 아주 작아 콩감나무로 불린다고 한다. 지나간 일들이 나무바퀴에 다 새겨져 있어, 마을의 모든 비밀을 간직한 나무라는 이야기를 할아버지에게 전해 들으며 지호는 신비로운 기분에 사로잡힌다. 학교 가는 길이 점점 익숙해지자 지호는 자전거를 타지 않고 다닌다. 처음에는 먼 것 같았는데 자꾸 다니다 보니 그리 멀지 않고 상쾌하기만 하다. 바뀐 건 그뿐이 아니다. 피자와 스파게티, 햄버거가 먹고 싶어 안달 났던 지호가 어느덧 콩자반이나 청국장 같은 음식도 잘 먹는다. 그토록 싫어하던 콩이 좋아진 만큼 지호의 시골생활은 나날이 풍요로워지고 있다. 마을에 어린아이가 없었던 탓에 지호는 모든 사람의 사랑과 관심을 독차지한다. 또한 학교 친구들도 경계심 없이 다가와 서로 오순도순 정겹게 지낸다. 할아버지를 따라 농사일을 돕고, 하루하루 바뀌는 자연의 모습을 가까이 보면서 지호는 ‘자연관찰일기’를 쓰고 싶은 마음까지 생긴다. 그 중심에는 콩감나무의 존재감이 더없이 크다. 날마다 마주하는 콩감나무를 통해 지호는 할아버지와 아버지의 어린 시절을 알아 가고 미처 몰랐던 추억을 공유하며 가족을 향한 든든한 사랑을 느끼게 된다.
그러던 어느 날, 집으로 돌아가는 산길에 비바람이 몰아쳐 옷이 다 젖어 버린 지호. 때마침 콩감나무 줄기가 뒤흔들리고 나무에 터를 잡은 노랑때까치 집이 예사롭지 않음을 발견한다. 어미 새도 보이지 않고 새끼들이 무사히 있는지 걱정스럽던 중 지호는 연약한 아기 새 ‘열쭝이’가 위기에 처한 모습을 보고 만다. 결국 지호는 거센 빗줄기를 무릅쓰고 콩감나무에 오르고 마는데……! 지호는 무사히 열쭝이를 구해 내고 나무에서 내려올 수 있을까?