[배가본드 1 (사무라이 미야모또 무사시)]
때는 16세기 내란시대, 미야모토 마을에 살고 있는 젊은이 다케조는 조금 난폭하고 급한성미 때문에 다른 마을 사람들에게 멸시를 받는다. 다케조와 그의 친구 마타하치는 이 마을에서 벗어나, 명성을 얻기 위해 전쟁에 참여할것을 결정한다. 그들이 합류한 도요토미 군대가 세키가하라 전투에서 패하지만 다케조와 그의 친구 마타하치는 겨우 살아 남는다. 10대 소녀 아케미와 그녀의 어머니 오코가 살고 있는 작은 오두막에 이르게 된다. 아케미는 다케조에게 다가오지만 그는 그녀를 피한다. 산적들의 공격이 있은 후 다케조는 나무검으로 그들을 격퇴한다. 어머니 오코가 그를 유혹하지만 그는 도망친다. 어머니 오코는 마타하치와 불의의 관계를 갖고 3명은 교도로 떠난다. 빈 집으로 돌아온 다케조는 마야모토 마을로 돌아가야할 책임을 느낀다. 마타하치가 아직 살아있다는 것을 마타하치의 어머니와 약혼자에게 말하지만 그들은 그의 말을 부정한다. 다케조는 그의 동료에 의해 반역죄로 붙잡힌다. 한 스님이 그를 죽음으로부터 구조하고 사무라이 규칙을 공부할 것을 그에게 명한다. 오추와 다케조는 사랑에 빠지고 그가 무예수업의 길을 떠날때 그녀는 그를 기다릴 것을 약속한다.

[배가본드 2 (이치조지사의 결투)]
몇 년후 다케조는 일본 최고의 검객이란 명성을 갖고 교도로 돌아온다. 그를 기다리는 오추에게 그는 가지 않은 체 그의 용맹과 솜씨를 입증할 만한 대항자를 물색한다. 무사시는 일본 최고의 명성을 자랑하는 켄도학교- 사실 이 학교는 자객들의 집단이나 마찬가지가 된다- 의 우두머리 세이지주로 요시오카에게 도전한다. 세이주로는 아케미에게 관심을 받고 싶어하는 사람이다.
오추가 다케조를 기다리는 동안 그녀는 고급창부 아케미를 만난다. 불행이도 아케미 또한 무사시에 대한 연정을 품고 있고 그를 찾고 있었다.
압박아래서의 무사시의 훌륭한 수행과 점점 높아져만 가는 명성은 그의 대적이 될 코지로 사사키에 의해 주시된다. ˝재비 스윙˝이란 트래드마크를 갖고 있는 코지로의 검술은 능가할 자가 없을 정도의 솜씨였으므로 그는 다케조를 폐할수 있다고 확신하고 있었다.
최고의 경외심을 자아내는 장면으로 세이주로의 80명의 학생들에게 대항하여 싸우는 무사시의 마지막 싸움장면이다. 미푸네는 스님의 말씀과 그의 경험에서 온 교훈으로 자비의 이행을 준비한다. 그의 영혼은 그의 검만큼 다듬어지게 되었던 것이다. 그는 세이주로에게 인정을 배풀고 또 다시 그는 홀로 길을 떠난다.

[배가본드 3 (간류도의 결투)]
그의 대적 사사키 코지로는 나는 재비 꼬리의 동작에서 영향을 받았다 하여 제비스윙 검술로 잘 알려져 있었고 코지로 지방군주 호소카와 타아오키에 의해 고용되었다. 그는 최고 자신만만하고 노련한 사사키 코지로에게 결투의 도전을 받는다. 무사시는 무사시 아버지의 제자였던 호소카와의 직원을 통해 코지로와와의 결투 승인을 군주에게 신청한다. 다음날 아침 8시에 결투가 용인된다는 승인을 받고 장소로는 오구라로부터 몇마일 떨어진 섬이다.
그날밤 무사시는 숙박소를 떠나 코바야시 타로 재문의 집으로 옮기고 이것은 무사시가 코지로의 경외로운 기법에 겁먹고 도망갔다는 소문으로 와전된다. 다음날 아침 8시 무사시는 섬에 집합된 한 고무자가 올때까지 일어날수가 없었다. 그는 일어나 그들이 씻으라고 가져온 물을 마시고는 해변으로 내려갔다.
결투장에 접근한 배, 그리고 코지로와 기다리고 있던 관공리들은 수건으로 묶어져 있는 그의 빗질하지 않은 머리, 긴 나무 노를 휘두르며 배에서 뛰어내려 그의 적을 향해 돌진하는 그의 이상한 모습에 아연실색한다. 코지로는 그의 긴 검을 꺼내고 칼집은 던져 버린다. 그들의 결투는 이렇게 시작된다. 무사시의 승리로 끝난 결투. 무사시가 일찍이 싸움에서 검을 사용하지 않게 된 것이 이쯤일 것이다. 그는 무적이였고 금후 켄도의 길에 대한 완전한 깨달음을 추구하기 위해 몸 바쳤다. 그는 A Book of Five Rings란 병법책을 쓴다.