[그린닌자의 운명] 제왕 가마돈으로부터 닌자고 시티를 지켜라!
줄거리 : 제왕 가마돈이 메가 황금 무기로 시간을 되돌려 고대 괴물 그룬달을 되살려 냈어요. 제이, 카이, 쟌 그리고 콜이 제왕 가마돈을 막아 내려는 바로 그때···, 닌자들이 다시 어린아이가 돼 버렸답니다! 괴물 그룬달이 닌자고 시티를 파괴하는 걸 막아야 하지만 꼬마 닌자들은 예전처럼 스핀짓주를 사용할 수가 없었지요. 이제 위험에 빠진 닌자고 시티와 닌자들을 도울 수 있는 사람은 단 한 명뿐이에요. 바로 전설적인 그린 닌자의 운명을 타고 난 소년, 로이드 가마돈이지요. 아직 어린 그린 닌자는 제왕 가마돈을 막아 낼 수 있을까요?

[닌드로이드의 공격] 닌자들의 테크노 블레이드 해킹 공격!
줄거리 : 오버로드를 물리치고 나자 네 명의 닌자들 콜, 제이, 카이, 쟌은 마스터 우의 청소년 학교에서 학생들을 가르치며 지루한 하루하루를 보냈어요. 그러던 어느 날, 첨단 기술로 가득한 새 닌자고 시티의 보그 타워를 방문하면서 모든 것이 바뀌어 버렸지요. 천재 발명가 사이러스 보그가 새로운 악당이 새 닌자고 시티를 노린다고 닌자들에게 경고했거든요. 콜, 제이, 카이 그리고 쟌은 닌드로이드의 맹공격에 맞서 싸워 닌자고 시티를 지켜 낼 수 있을까요?

[닌자 대 닌드로이드] 사람 대 기계, 닌자 대 닌드로이드!

줄거리 : 다섯 명의 스핀짓주 마스터들 콜, 제이, 카이, 쟌 그리고 로이드는 오버로드로부터 테크노 블레이드와 로이드의 파워를 지키기 위해 새 닌자고 시티에서 탈출했어요. 하지만 마스터 우가 오버로드에게 인질로 잡히고 말았지요. 악의 근원인 오버로드를 막는 방법은 단 하나뿐! 시스템을 리부팅해서 힘의 근원을 없애는 방법뿐이에요. 하지만 오버로드가 만들어 낸 강력한 닌드로이드들이 사방에 깔려 있어 쉽지 않은 상황이지요. 사람 대 기계, 닌자 대 닌드로이드! 과연 누가 이길까요?

[티타늄 닌자] 전설의 골드 마스터가 되어 돌아온 오버로드!
줄거리 : 닌자들에게 강력한 적이 다시 나타났어요. 그동안 닌자들은 현실과 가상 세계에서 악의 근원인 오버로드와 끊임없이 싸워 왔지요. 그런데 오버로드가 지금껏 가장 강력한 모습으로 다시 닌자들 앞에 나타났어요. 바로 전설의 골드 마스터로 말이에요. 어쩌면 이번에는 오버로드를 막을 수 없을지도 모르지만 닌자들은 절대 멈추지 않을 거예요. 과연 닌자들은 예언 속의 위대한 파괴자 골드 마스터 오버로드를 물리칠 수 있을까요?

[티타늄 닌자 구출 작전] 쟌을 구하기 위해 초능력 무술 대회에 참가한 닌자들!
줄거리 : 얼음의 마스터 쟌이 오버로드로부터 닌자고를 구하기 위해 자신을 희생한 뒤, 모든 것이 달라졌어요. 콜은 나무꾼으로, 제이는 텔레비전 진행자로, 카이는 비밀 클럽에서 격투 시합을 하며 지냈거든요. 닌자 팀이 모두 뿔뿔이 흩어진 뒤에도 로이드만은 홀로 남아 닌자고를 지키며 열심히 훈련을 계속했답니다. 그러던 어느 날, 네 친구는 행운의 과자 안에서 비밀스런 쪽지를 발견했어요. 그리고 소중한 친구 쟌을 구하기 위해 마스터 첸의 초능력 무술 대회에 참가하려고 섬으로 가는 배를 탔답니다. 닌자들은 힘을 합쳐 섬 어딘가에 살아 있을지도 모르는 친구를 구출할 수 있을까요?

[닌자 대 닌자] 초능력 무술 대회의 승자는 오직 하나뿐!
줄거리 : 마침내 초능력 무술 대회가 시작되었어요! 모두 강력한 원소 마스터들이라 승부를 가리기 어려울 만큼 막상막하의 대결을 펼쳤지요. 대결이 진행될수록 점점 탈락하는 원소 마스터들이 늘어 갔어요. 마스터 첸은 닌자들을 빨리 떨어뜨리기 위해 대결 상대를 섞어 버리기로 했지요. 그 때문에 닌자들은 어쩔 수 없이 닌자끼리 결투를 벌이게 되었어요. 콜 대 제이! 니야의 마음을 얻기 위해 오래도록 경쟁해 온 두 닌자가 무술 대회에서 맞붙게 됐답니다. 오직 한 사람만 승자가 될 수 있는 이 대결에서 누가 남게 될까요?

[스파이 대 스파이] 닌자의 스파이 대 첸의 스파이!
줄거리 : 콜은 지하에 있는 마스터 첸의 국수 공장에서 일하면서 쟌을 구해 도망칠 계획을 짰어요. 제이, 카이, 로이드는 초능력 무술 대회에 참가한 마스터들 가운데 누가 스파이인지 찾고 있었지요. 하지만 적과 동지를 구별할 수 없자 마스터 첸에게 맞서기 위해 다른 원소 마스터들과 동맹을 맺었어요. 한편 니야는 닌자들을 돕기 위해 첸의 섬으로 몰래 들어와 첸과 클라우즈가 원소 마스터들의 힘을 빼앗을 때 사용하는 마법의 주문을 찾고 있었지요. 과연 니야는 무사히 주문이 적힌 마법책을 찾을 수 있을까요? 마스터 첸의 스파이는 대체 누구일까요?

[크리스탈을 찾아라!] 위험한 수색에 나선 닌자들!
줄거리 : 로이드가 바람의 마스터이자 우의 첫 번째 수제자였던 모로의 유령에게 혼을 빼앗겼어요. 로이드의 몸에 들어간 모로는 다른 닌자들의 원소 능력을 빼앗고 우의 지팡이까지 훔쳤지요. 닌자들은 친구를 구하기 위해 위험한 수색에 나섰어요. 그리고 무한한 힘을 가진 렐름 크리스탈을 모로보다 먼저 찾아야만 했지요. 그래서 신비한 렐름 크리스탈을 찾아 깊은 바닷속, 첫 번째 스핀짓주 마스터의 무덤으로 갔답니다. 원소 능력과 마법 무기까지 잃어버린 채 오로지 서로의 지혜에 의지해 로이드와 렐름 크리스탈을 구해야 했지요. 닌자들은 수많은 함정을 빠져나가 모로보다 먼저 크리스탈을 찾아낼 수 있을까요?

[돌아온 나다칸 진] 나다칸 진에게 소원을 빌 땐 조심하시오!
줄거리 : 새 닌자고 시티에 다시 평화가 찾아왔어요. 닌자들이 파멸의 지배자를 물리쳤고, 저주의 땅도 파괴했거든요. 그 뒤 콜, 제이, 카이, 쟌, 로이드, 니야는 아주 유명한 스타가 되었어요. 닌자들은 잠시 쉬면서 이 시간을 즐겼답니다. 하지만 평화도 잠시, 가장 악명 높은 해적이었던 나다칸 진이 다시 돌아왔어요. 사악한 유령 마법사 클라우즈가 타이란의 찻주전자에서 나다칸 진을 불러냈거든요. 나다칸 진은 렐름 크리스탈로 자신의 드래곤 전함뿐 아니라, 옛 부하들을 모두 다시 모을 작정이지요. 닌자들은 막강한 나다칸 진을 막아 낼 수 있을까요?

[유령의 날] 유령의 날에 닌자고로 돌아온 위험한 악당들!
줄거리 : 닌자들이 닌자고 시티의 역사 박물관을 방문했어요. 그곳에서 새로 준비하고 있는 악당 전시회는 월식이 있는 유령의 날에 딱 맞춰 열릴 예정이었지요. 전시관에는 콜을 유령으로 만든 양 사부를 포함해 닌자들이 물리쳤던 모든 악당들의 동상으로 가득 차 있었어요. 양 사부는 죽었지만 완전히 떠난 게 아니라, 다시 살아 있는 자들의 세상으로 돌아올 계획을 세우고 있었지요. 그래서 콜을 속여 닌자들이 가장 상대하기 힘들었던 악당들을 다시 닌자고로 불러들였답니다. 스핀짓주 마스터들은 닌자고 역사상 가장 위험한 악당들을 물리치고 원래 있던 곳으로 돌려보낼 수 있을까요?