- 제１장 : 새로운 시간의 시작
평범한 고등 학생 주나와 시우는 서로를 이해해 주는 절친한 친구 사이이다. 무료한 일상에 따분해하던 두 사람은 바다를 보러 가자는 갑작스런 충동에 오토바이에 몸을 싣고 길을 나선다. 그러나 예고도 없이 다가온 사고로 주나는 죽음의 경계를 헤매게 되는데, 가사 상태에서 들려오는 크리스의 목소리, 지구를 구하는 시간의 구원자가 되어 악의 기운 라아자와 싸워준다면 다시 한번 생명을 주겠다는 크리스의 제안에 주나는 고개를 끄덕인다.

- 제 2 장 : 두려움을 넘어서
원자력 발전소 파괴를 위해 검은 그림자를 드러낸 라아자의 거대한 모습 앞에 주나는 극심한 공포를 느끼고, 그로 인해 시간의 수호신, 가디안을 불러낸다. 주나를 지키기 위해 라아자와 맞서 싸우는 가디안. 그러나 파괴적인 둘의 싸움으로 인해 발전소는 더욱 위험해 지고, 위기를 직감한 크리스는 허약한 몸을 이끌고 주나 대신 라아자와 대적하기 위해 일어선다. 그리고 테레사와 소장 역시 발전소의 안전을 위해 몸을 아끼지 않고 나름대로의 방법을 강구한다.

- 제 3 장 : 숲의 눈물
더러워진 몸을 정화시키기 위해 산속에 홀로 남겨진 주나는 가혹한 자연의 법칙 앞에서 생명마저 위태로워진다. 홀로 남겨진 산속에서 가르쳐주지 않아도 자신의 먹이를 찾아 생존하는 작은 생물들을 보며 비로소 자신이 혼자서는 무엇을 먹어야 할지도 모르는 일그러진 생명체임을 깨닫는다. 생사의 경계선에서 마침내 지구와 공명하게 되는 주나...

- 제 4 장 : 전생 윤회
산속에서 길을 잃고 오토바이의 기름마저 떨어진 숲을 헤매는 시우와 주나 앞에 정체를 알 수 없는 이상한 노인이 나타난다. 노인의 인도를 받아 도착한 곳은 인적이 끊긴 깊숙한 산골. 잡초를 뽑지도, 벌레를 잡지도 않으며 채소를 키우는 이상한 노인은 주나에게 의미를 알 수 없는 질문을 던지는데……

- 제 5 장 : 작은 것들의 소리
다시 도시로 돌아온 주나는 산속에서의 경험 때문에 평상시 아무렇지도 않게 먹곤 하던 햄버거조차 제대로 먹지 못하며 괴로워한다. 한편, 집으로 돌아가던 길에 쓰러진 시우는 전세계에 퍼진, 원인을 알 수 없는 바이러스에 의해 전신마비 증상임이 밝혀지는데…

- 제 6 장 : 최초의 한 사람
병에서 회복돼 시우와 만나러 나가는 주나의 앞에 이혼하고 집을 나갔던 아버지가 찾아온다. 서로를 필요로 하지만 둘 사이는 어색하기만 하다. 편해지기 위해서 집을 나갔다는 아버지의 말을 이해 못하는 주나.
한 편 개학을 맞아 학교에 간 주나는 지구와 공명하면서 얻어진 예민한 감각을 통해 일상에 숨어있는 라아자와 대면하게 된다. 우연찮게 학교에서 인기 없는 수학 선생님의 집을 방문한 주나는 선생님과의 대화를 통해 편리하다는 이유로 무시하고 지냈던 여러 가지 진실에 대해 눈을 뜨게 되고, 거대한 현실 앞에 무력해 가는 시우를 보며 한 사람 한 사람이 용기를 내서 변해간다면 세상이 아름다워질 수 있다고 격려를 한다.

- 제 7 장 : 보이지 않는 말들
점점 더 삐걱거리는 시우와의 사시에 새롭게 끼어든 유리의 존재는 주나의 마음을 괴롭힌다. 한편 점점 더 쇠약해가는 크리스를 구하기 위해 신디는 독단으로 주나와 시우를 시드의 지하신전에 데려간다. 그곳에서 맞닥드린 크리스의 실체는, 라아자와 생명조차 없애지 못하고 자신의 몸에 가둬버린 뒤 점점 라아자화되는 꺼져가는 생명이었다. 의미 전달의 기능에 집착한 나머지, 그 의미를 상실해 가는 말을 통해 마음의 소통을 상실해 가는 현실을 깨닫는 주나. 그녀를 붙잡아 줄 수 있는건 공명하는 마음뿐 ….

- 제 8 장 : 부슬비
소리 없이 내리는 부슬비처럼 일상은 주나와 시우의 사이를 서먹하게 만든다. 자연과의 공명을 통해 일상의 일그러짐을 느끼는 주나와 문명의 혜택을 만끽하려는 시우와의 사이는 어느샌가 틈이 벌어진다. 그들 사이에 새로 끼어드는 유리를 향해 조금씩 마음이 흔들리는 시우. 그리고 그것을 느끼는 주나. 세 사람의 어깨 위로 금방이라도 그칠 것 같은 부슬비는 계속되는데….

- 제 9 장 : 태어나기 이전부터
시우와의 사이에 벌어진 틈으로 고민하는 주나에게 신디가 예고도 없이 찾아온다. 자신의 몸으로 체험하기도 전에 머리로 미리 알아버리는 저주받은 자신의 운명을 얘기하면서, 태어나기 이전의 태아의 중요성을 주나에게 알려주는 신디. 신디로 인해 태아가 내는 마음의 소리를 들을 수 있게 된 주나는 친언니인 주희가 낙태 수술을 받으려 한다는 걸 알고는 만류하지만 역부족이다. 그리고 시우와의 관계를 어떻게든 회복해 보려고 노력하는데…

- 제 10 장 : 일그러진 유전자
시우의 아버지가 일하는 바이오 알파 연구소에 대한 기사가 매스컴에 오르내리자 위험을 감지한 주나가 이를 설득하려 연구소로 시우의 아버지를 찾아간다. 하지만 과학과 논리로 무장한 아버지의 단호한 주장 앞에 주나 뿐 아니라 시우까지도 뜻을 이루지 못하고 돌아선다. 서로의 말만을 주장하며 싸우는 아버지와 아들을 보며 서로에게 닿지 않는 아버지와 아들의 마음을 안타까워하는 주나. 그러나 이들을 향해 라아자의 위협은 한발 한 발 다가오고 있었다. 석유분해 미생물의 개발을 위해 위험한 유전자 조작조차 마다 않은 현대 과학의 오만이 불러온 절대 절명의 위기 속에서 아버지와 아들은 비로소 서로에 대한 애정에 눈을 뜨게 되지만….

- 제 11 장 : 돌아오지 않은 시간들
티아이 초능력자의 부상으로 오메가 원까지 오게 된 주나. 그곳에서 주나는 거대 문명의 결정판인 대도시가 실은 쓰레기 위에 세워진 모래성 같은 도시임을 알게 된다. 남아도는 화학약품과 불필요한 소비재의 남용으로 현대 문명은 자신을 붕괴시킬 위험을 잉태하고, 파멸의 손길은 마침내 시우들을 습격하는데..

- 제 12 장 : 최후의 날들
라아자의 상륙으로 인해 전기와 가스, 수도의 공급이 멈춘 도시에서 시우와 유리는 아버지의 죽음을 목격한다. 그리고 텔레파시를 통해 이를 지켜보던 주나는 그 충격으로 정신을 잃는다.
먹을 것과 식수마저 부족한 열악한 상황에서 생존을 위해 발버둥치는 사람들, 멀리 떨어져 이들을 지켜보며 자신의 무력함에 절망하던 주나는 마침내, 가디안을 불러내 시우와 가족이 있는 알파 원으로 향한다.

- 제 13 장 : 지금
시우와 엄마를 구하기 위해 가디안을 타고 알파 원으로 돌아온 주나는 참혹한 현실에 절망한다. 끝도 없이 몰려드는 라아자와 싸우는 주나 앞에 나타난 크리스는 라아자와 자신이 하나라는 알 수 없는 말을 남기고, 거대한 괴물로 변해 주나를 공격한다. 아자 로부터 세계를 구하기 위해 알파 원을 회생시키라는 사령관의 명령을 거부하고 시우를 구하러 나서는 주나, 그러나 주나의 걱정과는 달리 시우는 자연 속에서 스스로 살아가는 방법을 터득해 간다. 그런 시우의 모습을 보며 인간과 자연, 라아자와 자신이 하나였음을 깨닫는 주나. 결국 주나는 자신이 살아가는 ‘지금’ 을 지키기 위해 자신의 몸속에 라아자를 봉인시키는 마지막 방법을 선택한다.

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